芯片与生物信息学

FFPE 样本 | 空间转录组测序

基本信息
服务名称:
FFPE 样本 | 空间转录组测序
英文名称:
Ffpe space transcriptome sequencing
参考报价:
伯豪生物 官网:http://www.shbio.com 询价热线 021-58955370
总点击数:
11363
更新日期:
2024-05-22
服务类别:

服务详情
FFPE 样本 | 空间转录组测序

技术简介

空间转录组技术不仅可以提供研究对象的转录组等数据信息,同时还能定位其在组织中的空间位置,对癌症发病机制、神经科学、发育生物学等众多领域的研究来说都具有重要意义。目前该技术主要适用于新鲜冷冻组织样本,临床通常使用的 FFPE(福尔马林固定石蜡包埋)样本资源无法得到更加有效的应用。目前针对 FFPE 样本的空间基因表达解决方案,可以从 FFPE 样本中以高灵敏度和高特异性分析相关基因的空间表达信息。

伯豪优势

1、打破对新鲜冰冻样本的局限性,使临床上大量的 FFPE 样本得到更加有效的利用;

2、RNA 模板连接(RTL) 探针集,具有高灵敏性和特异性,且探针集覆盖了人和小鼠超过 18000 个基因;

3、可以结合更广泛的病理信息和预后信息,筛选生物标记物、进行回顾性和纵向研究,揭示更广泛更深入的生物学问题。

实验流程

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样本要求

1、满足组织贴片实验(不脱片);

2、RNA 完整性:DV200>50%。

分析流程

通过生物信息分析直观地展示 spot 分群和 spot 亚群在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。此外,还提供个性化需求分析等丰富的分析内容,包括单细胞数据与空转数据的联合分析等。

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图 基于 spot 的 cluster 分类(t-sne 图)和 cluster 在切片上的分布

 

FFPE样本空转生信分析图表

图 海马 marker HCPA 基因在切片上的表达分布(红色区域表达量高)

 

FFPE样本空转测序分析10X软件

图 根据病理信息选择特定区域进行分析(或者多个区域进行比较分析)

 

FFPE样本差异基因分析结果图

图 不同细胞类群映射到切片上的结果

参考文献

文章名称:Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer

发表时间:2022 年 3 月
发表期刊:Immunity
影响因子:31.428
发表单位:法国索邦大学 Cordeliers 研究院

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公司简介

伯豪生物园区

 

伯豪生物企业文化茁壮生长

 

上海伯豪生物技术有限公司(简称:伯豪生物,英文名:Shanghai Biotechnology Corporation)2008 年 12 月成立,是生物芯片国家工程研究中心的有机组成部分,专注于提供专业的生物医药和疾病诊断创新技术、产品和优质服务。

 

伯豪生物 CRO 服务内容

 

伯豪生物自成立以来获得了国家基因检测技术应用示范中心、国家工信部专精特新“小巨人”企业、院士专家工作站、高新技术企业、上海市研发公共服务平台(负责“上海市高通量疾病标志物服务平台”和“上海市基因芯片专业服务平台”的运营)、上海市服务外包公共平台、上海科技小巨人企业、浦东新区企业研发机构、联合实验室建设等一系列资质,拥有医疗机构执业许可证、医疗器械经营许可证。

 

伯豪生物历年荣誉证书

 

伯豪生物于 2016 年入选国家发展和改革委员会首批基因检测技术应用示范中心,与复旦大学附属肿瘤医院、上海市胸科医院、上海市儿童医院、上海生物信息技术研究中心等单位共同承担运行“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”。

 

伯豪生物获得 IOS9001 质量服务体系认证

 

伯豪生物建立了规范化的质量控制体系,通过了 ISO9001:2015 质量技术体系的认证,并参照 GLP- L 的标准,通过 156 个 SOP 文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。

 

伯豪生物协助客户发表文章数据

 

伯豪生物累计技术服务 10 余年,承接项目数超 10000 个,用户单位 3000 家以上,累计处理样品超过 30 万份,协助客户发表论文 2000 余篇,总影响因子(IF)超 10000 分,平均影响因子(IF)大于 5 分。全面推动中国基因组学服务产业发展。可靠的质量已经得到了国内及国际科研领域的认可!伯豪生物秉承着“服务科技创新,护航人类健康!”的使命,为每一位伯豪生物客户提供专注、专业、高效的科研技术服务。

 

伯豪生物经过十多年不断投入和持续打造,伯豪生物已经成长为一家硬件精良,人才合理,技术专业,管理规范,理念先进,符合国际标准的以技术开发和技术服务见长的生物技术公司。

 

伯豪生物营销网络
 

经营范围
       生物芯片、实验室试剂及相关设备的研发、生产、销售,生物医药技术专业领域的技术服务、技术转让、技术咨询,从事货物与技术的进出口。 【依法须经批准的项目,经相关部门批准后方可开展经营活动】。
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售后服务
上海伯豪生物技术有限公司(简称“伯豪生物”) 客服热线:021-58955370 企业微信:177-0213-9967 公司地址:上海市浦东新区张江镇李冰路151号 公司官网:https://www.shbio.com 服务内容:科研CRO服务(生命科学分子实验),科研试剂(品牌:Agilent、BioYou、Tobitec等) 售后标准:遵循ISO9001:2015国际质量标准。
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