ECO生态板介绍
微生物群落可以提供有用的信息对于研究应用和基础环境事件。
微生物存在于各种环境,对于环境中的化学和物理变化会首先做出反应。因它们位于食物链底层,微生物群落的变化常是环境整体健康和活力变化的开端。
BIOLOG ECO平板特别为群落分析和微生态研究设计的,在一批微生态学家要求下设计的较之GN平板有较多碳源重复的生态分析板。
首先是1991年J. Garland and A. Mills.1利用BIOLOG 微平板分析群落。研究者发现通过接种混合菌群到GN板,培养一段时间后测量群体的指纹图谱,可以确定微生物群落的特征。这种
群落层面的生理图谱分析方法在辨别空间和时间层面微生物群落变化是很有效的。在应用生态研究中,微平板既可以用来测试正常菌群的稳定性,也可以测定引入各种外界因素作用后微生物群落发生的变化。
在环境科学的各种领域作的研究显示,BIOLOG 微平板在这方面有很多的应用。利用biolog微平板研究 群落变化已经应用于土壤,水,废水,活性污泥,混合肥料和工业废弃物领域。利用biolog 微平板分析微生物群落已发表超过500篇文章。
Ecoplate
Ecoplate 包含用于土壤群落分析最常用的31种碳源。这些碳源有3个平行,可以获得更多的重复数据。微生物群落产生特征性的反应称作代谢指纹图谱。从单个的微平板上的指纹图谱就可以提供大量的信息。
微平板培养2-5天后对群落反应图谱进行分析,利用统计软件比较分析图谱的变化。常用PCA(主成分分析)软件分析孔颜色产生均值(average well color development,AWCD ),但其他的统计方法也是可行的,或许也具有相应的优势。2-7
图谱的变化反应了群落随时间发生的变化。
BIOLOG 微平板分析技术在研究群落和生态变化方面与脂肪酸分析方法作了比较。微平板对环境变化更灵敏。同时也发现对于一些主要决定元素如温度和水更敏感。
对GN和GN2 微平板也作了类似的分析。对一些研究来说,最好还是选择ECO平板。但主要还是取决于自己的研究来决定哪种板适合群落 或生态分析。
步骤
1 环境样品 以水溶液 或悬浮做成悬浊液后(土壤,污泥,沉积物等)直接加入平板。
2 微平板在自己设定的时间段培养和分析
3 用以下特征评价分析群落水平的生理图谱:
图谱生成(相似度)
每孔的颜色变化率
孔反应的丰富度(多样性)
当细胞利用孔中的碳源进行呼吸代谢。群落中的细胞进行呼吸代谢会还原包含在碳源中的四唑紫染料。
反应图谱可以利用biolog 读数仪来高效分析。也可以用普通酶标仪来读取590nm处的OD值。统计分析数据常用其中的标准软件套装。也有研究者发现使用PCA比其他软件更好些。获得更详细的信息。
碳源共分成6大类:
B2,D-Xylose,D-木糖
A2,ß-Methyl-D-Glucoside,ß-甲基D-葡萄糖苷 , A3,D-Galactonic Acid y-Lactone,D-半乳糖内酯
B1,Pyruvic Acid Methyl Ester,丙酮酸甲脂,B3,D-Galacturonic Acid,D-半乳糖醛酸
A4,L-Arginine,L-精氨酸,B4,L-Asparagine,L-天冬酰胺酸,E4,L-Threonine,L-苏氨酸F4,Glycyl-L-Glutamic Acid,甘氨酰-L-谷氨酸
G4,Phenylethyl-amine,苯乙基胺H4,Putrescine,腐胺,E2,N-Acetyl-D-Glucosamine,N-乙酰基-D-葡萄胺