在妊娠期，胎盘维持、调节母胎间物质交换与免疫稳态，但难以直接取样。胎盘细胞的凋亡、脱落，释放胎盘源性游离 DNA（cfDNA）进入母体血液循环，为无创观察胎盘相关分子变化提供了窗口。DNA 甲基化是调控胎盘发育的核心，目前孕期 cfDNA 甲基化组研究尚不成熟，主要挑战包括cfDNA样本浓度低、来源复杂以及全基因组覆盖难度较高。
采用甲基化DNA测序（MeD-seq）技术，评估孕早期母体cfDNA的全基因组甲基化特征。MeD-seq以甲基化依赖性限制性内切酶LpnPI为核心，从低浓度cfDNA中获得甲基化短片段信号，继而在全基因组范围内进行差异甲基化区域（DMR）分析。
LpnPI酶切 →接头连接/建库 → Pippin HT纯化与片段分选 → PCR、测序 → DMR分析。
01  样本处理：
从4 mL血浆中提取cfDNA；
02 LpnPI酶切：
将DNA切割为32 bp片段，甲基化CpG位点位于片段中央；
03  文库制备：
TruPLEX DNAseq 96D试剂盒完成接头连接和测序文库构建；
04  自动纯化与片段分选：
接头连接后，使用 Sage Science 公司的 Pippin HT 全自动DNA片段分选回收系统，配合3%琼脂糖凝胶卡盒，对MeD-seq文库进行自动纯化与片段分选（DNA size selection）；
05   测序与质控：
Illumina NextSeq2000平台测序；
06  生物信息分析：
过滤含目标LpnPI位点的reads，开展DMR、聚类和组织来源分析。  
MeD-seq 核心酶 LpnPI 只切割含甲基化 CpG 的 DNA，生成固定 32 bp 特征片段；产物中混杂未酶切长片段、接头二聚体、游离接头、降解杂碎片段。相比手工切胶、磁珠筛选，Pippin HT 全自动运行，对微量核酸样本损耗更少、回收效率更高。同时，Pippin HT可精准控制筛选范围、只回收目的DNA片段，完全剔除多余杂片段与接头污染，保证测序文库仅富集携带甲基化 CpG 的有效模板，让后续测序数据全部用于甲基化位点分析，降低背景噪音，提升 DMR 差异甲基化区域检出灵敏度。
本研究通过MeD-seq检出胎盘甲基化标志物、完成胎儿性别鉴定，验证了母体外周血 cfDNA 甲基化组检测的可行性，以及胎盘与免疫细胞共同塑造孕期 cfDNA 甲基化特征，该策略在产前检测与产科表型分析中值得进一步研究。

原文：Genome- wide methylation profiling of maternal cell- free DNA using methylated DNA sequencing (MeD- seq) indicates a placental and immune- cell signature    
• 全自动回收：采用双通道电泳回收专利技术，回收过程全自动运行；
• ​精准回收：精确度高达90-99%，远高于手工切胶和DNA片段分选磁珠的方法
• ​微量回收：低起始量，低至ng级，控制时间回收，不直接检测样品
• ​高回收率：50-80%的高回收得率
• ​省时间：5分钟的手工操作时间，无需额外制胶和切胶
• ​高通量：1-24个样本/次
• ​全自动完成DNA片段分选, 软件中自由选择需要筛选的片段范围，免去了切胶纯化的繁琐步骤，比核酸片段筛选磁珠更加精准可控，重复性稳定性更好；
• ​用于DNA常规分子生物学，精准彻底的去除PCR引物二聚体、非特异性片段等，去除酶切产物中非目标DNA条带；
• ​用于小片段DNA筛选回收（DNA Size Selection），如小RNA/small RNA文库回收、cfDNA／ctDNA循环血游离DNA／循环血肿瘤DNA测序文库、ddRAD-SEQ双酶切简化基因组测序文库、16S文库微生物测序文库回收等、ChIP-seq文库、MeDIP-seq / hMeDIP-seq甲基化DNA免疫沉淀片段测序文库、ATAC-seq转座酶可及染色质高通量测序文库、遗传病 panel 扩增子文库等各种复杂样本的处理，提高测序数据质量；
• ​用于大片段DNA（几kb、几十kb甚至几百kb）精准回收，如PacBio HiFi文库构建、纳米孔测序建库、超长测序（Ultra-Long Sequencing）文库构建等，精准彻底去除小片段DNA，提高测序质量，降低测序成本；
• ​低起始量样品的精准浓缩回收：血浆/血清cfDNA/ctDNA，微量细胞/单细胞，空气/冰川/岩石样本，低丰度病原体等；
• ​降解样本的精准浓缩回收：FFPE（石蜡切片）、古DNA、腐烂样本、RNA样本等；
• ​背景极高的复杂样品的精准筛选回收：废水、土壤、腐殖质、粪便、肠道内容物、痰液，脓液、临床拭子、血液、脑脊液、共生微生物、食品微生物等
 

参数	详情
分离范围	100 bp–基因组DNA
通量	1-24个样本/次
电场模式	直流高压、脉冲场交变电场
回收模式	窄范围回收、宽范围回收、High Pass大片段回收、Range+T回收
回收方式	自动化回收
最佳重复性	＞90%
大片段准确率	30-40kb范围＞90%

 
环 亚 产 品
环亚生物科技有限公司（APG BIO Ltd）成立于2011年，专注于引进国外创新技术和高品质仪器设备。