分析细胞鉴定金标准-STR（Short TandemRepeat）短串联重复序列
2019-11-15 来源:本站 点击次数:8098经常有小伙伴问小编STR鉴定的结果要怎么看，检测的结果代表的是什么意思？
今天来给大家梳理解析下STR鉴定结果怎么看。
STR检测流程
首先了解下STR检测流程，提取细胞DNA, 进行PCR扩增，扩增产物进行测序，然后进行结果分析。详细流程如下：
* Dr.Cell 采用的细胞STR鉴定方法完全符合美国国家标准局（NIST）颁布的细胞鉴定标准-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中国CMA认证与司法鉴定许可的实验室进行检测。
完整的细胞STR检测报告请查阅（STR Report-Sample），报告上会列出受检细胞系STR基因分型结果附表（图2），表格中将列出所有实际检测位点信息。第2列“Sample”为样本检测得到的STR位点信息, 该结果是根据实际PCR扩增后检测到的片段长度得到的数据信息。第3列为ATCC、DSMZ等数据库中标准细胞STR位点信息。数据库中常规提供9个位点信息，即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。
▲图2 STR基因分型结果
STR位点基因分型结果峰图
在报告中会给出受检细胞系的STR检测结果峰图（图3），该结果是根据实际PCR扩增后检测到的片段长度和分型信息。位点信息与表1（图2）相同。
▲图3 STR基因分型结果峰图
*STR: 短串联重复序列（short tandem repeats，STR）也称微卫星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列，由于核心单位重复数目在个体间呈高度变异性并且数量丰富，构成了STR基因座的遗传多态性。
* 纯合子：Homozygote，指同源染色体在同一基因位点上的两个等位基因相同。即显示单个峰。
* 杂合子：Heterozygote，指同源染色体在同一基因位点上的两个等位基因不相同。即显示2个峰。
人源正常组织细胞其STR图谱，一个基因位点仅出现一个或2个峰（更多信息请查阅短串联重复序列 (STR, short tandem repeats) ）。如发生细胞交叉污染现象，基因位点会出现多等位基因，即一个基因位点出现3或4个峰（图6）。当然，也不能排除可能为三倍体等多倍体突变现象。
根据鉴定得到的细胞STR位点信息在ATCC、DSMZ等数据库中进行比对，进入ATCC STR数据库页面（https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx ）输入检测细胞的9个STR位点信息，与ATCC数据库进行对比。
▲图7 ATCC 数据库比对
输入信息后给出比对结果（图8）
▲图8 ATCC数据库比对结果
同样在DMSZ数据库进行数据比对，得到匹配结果。
▲图9 DSMZ数据库比对结果
人源细胞STR鉴定结果判定标准：
受检细胞STR位点的基因分型数据与其对应的标准细胞系（其原始组织或衍生细胞系）STR基因分型数据进行比对：
1）若两者的匹配度≥80%，则判定受检细胞系为标准细胞系或为标准细胞系的衍生细胞系。
2）若两者的匹配度在56%-80%之间，建议结合细胞系形态、细胞系特异性标记物等辅助分析进行综合判断。
3）若两者的匹配度≤56%，则判定受检细胞样本与其对应的标准细胞系不相关。
参考文献：
1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.
2. Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1. （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK144066/）