PCR又称聚合酶链式反应，PCR的过程可看作是生物体外的特殊DNA复制，PCR的最大特点，是能将微量的DNA大幅增加。

1、PCR的三个步骤：
1). 高温变性: 利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链；
2). 低温退火: 低温（经常是60°C左右）时引物与单链按碱基互补配对的原则结合；
3). 中温延伸: 当调温度至DNA聚合酶最适反应温度（72°C左右），DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。
                 
基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备，能在变性温度，复性温度，延伸温度之间很好地进行控制。它需要DNA模板，上下游引物，taqDNA聚合酶，dNTP以及缓冲液(镁离子很重要)，当然还有超纯水。
当然现在实验室做PCR，买的缓冲液里面是直接加好聚合酶和dNTP的，可以直接用。
一般的25微升体系里DNA模板和上下游引物各1微升，PCR MIX12.5微升，ddH2O9.5微升。

三步法：
第一步：94℃变性30s；
第二步（循环30-35次）：94℃变性30s，55-60℃退火30s，72℃延伸24s（时间按照合成速度和长度来计算）；
第三步：72℃终止延伸5-10min。

2. 引物
引物设计步骤：
找到目的基因的CDs序列（存在多个转录本时可对各个转录本的保守区域进行引物设计）；用软件设计和评价引物（Oligo软件）；blast引物特异性。

要求：
引物长度为15-30bp，最常用的为23bp；引物Tm值介于62-73℃之间，上下游引物Tm最好相近以保证其能高效工作；3’-端的Tm值要低于5’端；引物GC含量约为40-60%；避免扩增模板的二级结构域；避免引物的二级结构；避免与靶DNA错配。

3. PCR酶：可按需要选择普通的Taq酶、可扩增长片段的Taq酶或高保真酶。

4. PCR体系：按所选的PCR酶说明书来配制。

5. PCR产物检测：一般采用琼脂糖凝胶电泳，必要时也可使用聚丙烯酰胺凝胶电泳。

6、反转录引物选择：
1. Oligo dT：适用于具有PolyA尾巴的RNA。（原核生物的RNA、真核生物的rRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。）由于Oligo dT要结合到PolyA尾巴上，所以对RNA样品的质量要求较高，即使有少量降解也会使全长cDNA合成量大大减少。
2. 随机引物（random primer）: 适用于长的或具有发卡结构的RNA。适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录反应。
3. 特异性引物（Specific primer）:与模板序列互补的引物，适用于目的序列已知的情况。