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DAP-seq技术实验流程和原理和适用物种(对象)范围

2023-02-28     来源:本站     点击次数:1129

DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq通常在规模上受到限制,难以进行高通量扩展。因此,只有少数转录因子可以获得结合位点信息,大量TFBS的覆盖范围仅适用于人类和一些模式生物。
 
DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,和基因组DNA文库在体外进行结合,然后分离出所有与转录因子结合的DNA,再使用高通量测序,找到转录因子的结合位点。
技术名称 DAP-seq ChIP-seq
实验模式 体外 体内
是否需要特异性抗体
时间成本
是否高通量

DAP-seq是ChIP-seq的重要补充方法,可以应用于模式和非模式物种,一般来说,有参考基因组的物种都可以进行DAP-seq,如果没有参考基因组,数据下机之后是无法进行数据分析的,但是可以考虑使用近缘物种的参考基因组进行分析。

技术流程

 

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