DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq通常在规模上受到限制,难以进行高通量扩展。因此,只有少数转录因子可以获得结合位点信息,大量TFBS的覆盖范围仅适用于人类和一些模式生物。
DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,和基因组DNA文库在体外进行结合,然后分离出所有与转录因子结合的DNA,再使用高通量测序,找到转录因子的结合位点。
技术名称 |
DAP-seq |
ChIP-seq |
实验模式 |
体外 |
体内 |
是否需要特异性抗体 |
否 |
是 |
时间成本 |
低 |
高 |
是否高通量 |
是 |
否 |
DAP-seq是ChIP-seq的重要补充方法,可以应用于模式和非模式物种,一般来说,有参考基因组的物种都可以进行DAP-seq,如果没有参考基因组,数据下机之后是无法进行数据分析的,但是可以考虑使用近缘物种的参考基因组进行分析。
技术流程
