纯度对于研究LPS的物理、化学及生物学特性是至关重要的，因为细菌其他成分的污染可影响LPS的物理特性及生物学活性。LPS制剂中最常见的污染物质是核酸、蛋白质及多聚糖，这类污染物质存在的量取决于LPS的提取和纯化方法。

70年代以前提取LPS最常用的方法为Westphal等于1952年介绍的酚水法（phenol water，PW），用这一方法提取的LPS纯度较高。污染蛋白质含量仅为1～3%，而在此以前所应用的方法（如三氯醋酸法，超声波法、正丁醇提取法等）所提取得到的LPS蛋白污染量可超过10%，因而PW方法是一种较为有效的方法。

自1969年Galanos 等介绍苯酚-氯仿-石油醚（phenol-chloro-form-petroleum ether，PCP）法后，LPS的纯度又得到了显著的提高。一方面，经PW法提取得到的S-LPS可以PCP法纯化，另一方面，R-LPS由于脂溶性成分的含量较高，因而可直接应用PCP法进行提取与纯化。PCP法可去除LPS中常见的污染物质。最终得到的纯化LPS不含核酸及多聚糖，蛋白含量亦可控制在1%以下。

LPS中存在的另一类污染物质为无机金属离子及小分子量多胺成分，它们的存在可影响LPS的物理性状及生物学活性。应用电透析可将这类成分除去。