A:我设计的靶点化合物已经测完细胞活性，除了需要买蛋白回来测活性以外，还有没有什么替代的方法来验证活性?

B:你可以用生物物理的方法做亲和力测试，或者生物化学的方法做酶的抑制率和IC50(如果你是要研究抑制剂的话)。

C:你要明确你的靶点，最好有这个靶点现有药物的构效关系或者药效团，然后再做结构改造，如果没有的话稍微有些难度。

D:验证活性?那就是分子水平，细胞水平还有动物水平。你做了细胞了，那就再做下蛋白，细胞水平很优异可以考虑动物水平。

A:靶点已知，目前觉得蛋白很贵，有点不舍得买，所以想看看有没有别的方法替代。

C:很简单，上动物。

A:目前从细胞来看我的药物只对MCF-7细胞活性优异，其它细胞活性不怎么样。

C:裸鼠移植瘤。

D:做乳腺癌啊!细胞活性优异，那也要做蛋白水平，不然机制不明确，发文章不好说清。

C:不应该先靶点，再做细胞么？

A:为了降低前期风险，所以我先测了细胞。其实都无所谓吧，如果是靶点设计。

E:你这排除不好，后期如果是脱靶的怎么办?

A:脱靶了再想其它方法。

C:万一你靶点活性不行，细胞有活性，你怎么解释。

A:再做pcr验证其它通路吧。

C:你不是药化么，搞这些太复杂了!

A:得发文章呀。

C:结构修饰，靶点筛选，结构再优化。

F:你至少得证明你的药物作用机制吧。

A:但是药理也得做，所以我想问的是有没有不需要买酶的方法下来验证我药物的靶点。

C:药化的第一目标是要有活性，然后毒性低，机制可以放后面。

D:你说的没错，是做选择性，但是靶标不明确的情况下可以用来找靶点。

C:反向对接。

A:我是基于靶点设计的，细胞实验结果满意。

E:先做酶活在考虑吧。

C:做一下靶点，做三个浓度，很便宜。比你自己做划算多了，你自己还不一定做得出来。

A:可是我不想买酶。

F:嗯 没钱就别做了。设计的小分子，说去哪儿就去哪儿，那好多研究都不用做了，科研就太简单了。

C:我之前做的一个肿瘤项目，就没做靶点，直接上的细胞。

F:我之前一个项目，也是直接上细胞，上动物。但是最后你反过来还得做靶点和机理。

B:测化合物活性，不要搞那么复杂，细胞水平活性基本就好了，如果知道靶点，就研究具体靶点活性如何。如果不知道靶点，呵呵了，就去搞什么蛋白WB啊、基因PCR等等，容易掉进去了，那是个无底洞的，很大可能是找不到靶点的，除非很有钱很有钱，还有大把大把的时间，就不是化学合成、药物设计这块的领域了，偏太远了，在不知道靶点的情况下，适可而止，简单做做细胞水平的细胞凋亡啊、细胞周期等等算了，不深入了，好好花时间去做自己擅长的，比如继续设计化合物、优化化合物结构等提高细胞水平活性。

F:没机理怎么发文章。

C:JMC也没看到有多少机理的。药化就是化合物QSAR和动物药效，然后看体内药代和毒性，这几个都有，药效好就行。

A:动力学模拟中，小分子与蛋白氨基酸残基之间共价连接部分反应原子和共价键(包括键长、键角)的力场参数和top文件是怎么生成的?

殷赋科技:amber官方教程有介绍，看看非标准氨基酸的构建。

C:如果你的分子不大，直接安装非标准氨基酸进行处理。

A:嗯，谢谢!我之前有按照非标准氨基酸去处理，但可能是因为包含共价键连接，共价键的参数一直不能正确生成。

另外，如果我用QM/MM方法进行动力学模拟，QM区域限定为配体小分子和反应性残基，不知道这样是否可以计算出共价键生成对结合自由能大小的影响?QM区域的溶剂化自由能在QM/MM计算中又是如何评估的呢?

殷赋科技:共价结合的自由能，原理上还是计算共价结合前后的自由能差。amber可以计算qm自由能，看看手册中关于mmpbsa的参数，至于共价结合，不知道能否应用。

A:是的，比如schrodinger对共价复合物结合自由能的计算就是采用这样的方法，但是它并不能评估共价键的影响。

殷赋科技:那就断开共价键，再计算一个自由能，就知道共价键的影响了。

D:我们是现做非共价对接。如果反应基团无法维持住够长的时间，后面的都不用做了。反应基团与参与反应的氨基酸残基靠的足够近，维持时间够长。

E:共价键用qm/mm计算完全没有问题，但是成本巨大。qm/mm计算非常精细，给出很多细节。

A:是的，QM是完全可以计算出键的生产和断裂所引起能量变化的，而且共价键的生产好像并不需要依靠时间的累积，条件允许有可能瞬间发生。就是不知道Amber QM/MM模拟计算GB结合自由能有没有考虑键能。

A:pymol能显示键能吗?

殷赋科技:不能。

A:您知道有什么方式吗?

殷赋科技:我们平台啊,对接后就有grid打分。如果你要精细研究单个键能，要用量化计算。

B:想请教一下预测的蛋白质3D 结构 根据1维预测3D 每个氨基酸坐标，有办法评估一下预测的结果吗？

殷赋科技:Ramachandra plot, ERRAT, Verify3D等等指标都可以评估蛋白质量。

C:请问一下有没有对应pH下 氨基酸质子化状态的预测网站？

殷赋科技:H++。

A:请教一下，跨膜蛋白做分子对接要加膜吗?

B:不用带膜 但需要膜内的构象。

A:求大神解答ligplot生成的图没办法存成图片，大家怎么解决的哦?

B:打印，会自动生成pdf保存，高清。

A:gromacs小分子拓扑用什么软件生成啊?

B:可以用progrn，但需要翻墙。

C:prodrg，acpype。

A:化合物打氢谱碳谱都能对上，但是低分辨质谱没找到想要的离子峰，请问这有可能吗?

B:质谱响应不同，可能你的化合物质谱响应差，但微量的杂质质谱响应很强，就会掩盖你化合物的离子峰。前阵子刚吃过这个亏，重新测了液质，才纠正了这个错误。

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