凝胶过滤看似非常简单直接，其实影响凝胶过滤结果的因素很多。

影响凝胶过滤层析的多种因素

一 装柱过程

①层析柱必须有柱头及适配器，紧压胶面完合没有空隙，否则样品上样受影响。

②将填料装填到空柱管中时，凝胶悬浮液不可太稠，否则很容易出气泡；太稀装柱时间过长，亦影响效果。50- 70%较适合。若是干粉，溶胀时间必须充足。装前完全搅匀。

③一次性倒入层析柱中，容量不够则需加装柱器。切不可分几次倒，柱效和对称性都很难合格。

④装柱及层析工作所用缓冲液的温度需一样。

⑤柱底网下的气泡一定要除掉，可先用20%乙醇湿一下底网。

⑥每种胶在不同柱高下的装柱流速、压力都不一样。一定要查询对应的凝胶说明书，按照标准执行。

二 使用过程

①样品需经过过滤处理，一些实验室由于样品净度等问题，层析柱使用一段时间后上筛板堵塞，柱压较高上部柱床塌缩，就会在胶面与筛板之间形成水层，分离效果就会大受影响。

②上样前柱平衡非常重要，不光UV平稳，至少平衡一个柱体积。

③缓冲液pH值会影响分离效果，经验中用pH7.0和pH4.5的缓冲液分离5个低分子量标准蛋白，结果颇有不同。

④加入0.15M NaCl可防止非特异性的吸附及蛋白间的聚合。