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伯优细胞核分离试剂盒应用文章集锦

2024-08-08     来源:本站     点击次数:971

本系列产品适用于人,动物,植物的新鲜,冻存及FFPE组织样本的细胞核分离提取。通过裂解细胞膜,释放细胞核的同时保持细胞核膜的稳定。优化的细胞核重悬液能够有效维持细胞核膜的完整和染色质的空间结构稳定。
 

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产品应用:
制备的细胞核悬液可用于:
·表观遗传学研究(如scATAC- seq/bulk ATAC- seq,CUT&Tag);
·核转录组测序(snRNA-seq/bulk RNA-seq)等相关实验。

应用范围:
伯优®细胞核分离试剂盒-柱提法已被测试用于多种哺乳动物新鲜及冰冻组织的细胞核提取,如小鼠肺、肾、脑、肝脏、心脏、淋巴结、延髓等,人肝脏(癌和癌旁)、肺、 脑、肝、肾、宫颈组织等。

伯优®植物样本细胞核分离试剂盒已被测试用于多种植物组织的细胞核提取,如小麦、玉米、洋葱的根、茎、叶,油菜、菜豆叶,百合雌 蕊,橘子果实,红豆杉茎等。

伯优®FFPE样本细胞核分离试剂盒已被测试用于多种哺乳动物FFPE组织的细胞核提取,如小鼠肝、肾、脑,人肝、淋巴、宫颈等。

产品列表:

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01 应用文章
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基于单核RNA测序数据解析囊腺瘤和肝囊肿的微环境
期刊:Computers in Biology and Medicine
影响因子:7
发表时间:2024.6
应用组织类型:肝囊肿,囊腺瘤

研究思路:通过单核RNA测序(single nucleus RNA-sequencing, snRNA-seq)数据,深入解析囊腺瘤和肝囊肿组织的微环境,进而了解这些病变组织中的不同细胞类型、细胞状态及其相互作用,从而揭示病变形成和发展的机制。

研究结果:单细胞核测序分析展现了病变组织中囊腺瘤和肝囊肿细胞的肿瘤内异质性及其肿瘤微环境,阐明了囊腺瘤和肝脏囊肿微环境之间的差异。而在囊腺瘤和肝囊肿病变中,也鉴定出不同细胞类型的不同簇和亚簇,并确定了它们相应的分子特征。拷贝数变异显示囊腺瘤和肝囊肿中肝星状细胞的恶性程度不同。囊腺瘤和肝囊肿的肝细胞分化模式也通过单细胞核测序数据分析得出。此外,T细胞的组成及其性质表明,囊腺瘤具有更高的免疫浸润性和更复杂的免疫调节机制。这项研究为囊腺瘤和肝囊肿提供了初步的细胞图谱,并为后续分子水平研究奠定了基础。


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02 应用文章
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空间转录组学结合单核RNA测序揭示人类脊髓中神经胶质细胞的异质性
期刊:NEURAL REGENETRATION RESEARCH

影响因子:5.9
发表时间:2024.6
应用组织类型:脊髓

研究思路:通过空间转录组学(spatial transcriptomics)和snRNA-seq这两种先进的技术,来揭示人类脊髓中神经胶质细胞(glial cells)的异质性,并可同时获得细胞的空间位置信息和基因表达谱,从而更全面地理解神经胶质细胞在脊髓中的分布和功能多样性。

研究结果:通过snRNA-seq的结果,发现在人类脊髓中,星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞各分为六个不同的转录亚群。在小鼠脊髓中,星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞分别分为五个、四个和五个不同的转录亚群。这说明人类和小鼠之间神经胶质细胞类型的异质性。此外,还检测到人类脊髓神经胶质细胞基因表达的性别差异。具体而言,在所有星形胶质细胞亚型中,男性的NEAT1和CHI3L1水平高于女性,而男性的CST3水平低于女性。在所有小胶质细胞亚型中,所有差异表达的基因都位于性染色体上。除了性别特异性基因差异外,所有脊髓少突胶质细胞亚型中MT-ND4、MT2A、MT-ATP6、MT-CO3、MT-ND2、MT-ND3和MT-CO2的水平在女性中均高于男性。总的来说,本研究揭示了神经胶质细胞的异质性,并为探索包括慢性疼痛、肌萎缩侧索硬化症和多发性硬化症在内的脊髓相关疾病的细胞基础提供了宝贵的数据资源。
 

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03 应用文章

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通过局部晚期宫颈鳞状细胞癌的单核转录组数据鉴定出与放疗疗效相关的神经样祖细胞谱系
期刊:Advanced Science
影响因子:15.8
发表时间:2023.7
应用组织类型:宫颈癌
研究思路:通过在放射治疗之前和期间,进行snRNA-seq以构建CSCC中各种细胞类型的高分辨率分子图谱,从而更好地了解肿瘤微环境中与放射治疗相关的分子反应。

研究结果:通过snRNA-seq的结果可发现,肿瘤细胞中神经样祖细胞谱系(NRP)的表达水平在放疗后显著升高,并且在无反应患者的肿瘤中富集。同时,通过群体RNA测序(bulk RNA-seq)分析独立队列的恶性细胞,验证了无反应患者肿瘤中NRP的富集情况。此外,对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas)数据集的分析表明,NRP表达与CSCC患者的预后不良相关。在CSCC细胞系的体外实验中,发现下调NRP程序中的关键基因neuregulin 1(NRG1)与细胞生长减少和对放射线敏感性增加相关。免疫组织化学染色在第三队列中验证了关键基因NRG1和免疫调节程序中即时早期反应基因3(immediate early response 3)作为放射敏感性调节因子的作用。这些发现揭示了NRP在CSCC中的表达可用于预测放疗的疗效。
 

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04 应用文章

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预测黑色素瘤抗PD-1治疗效果的新综合性多细胞特异性模型
期刊:Theranostics
影响因子:12.4
发表时间:2024.3
应用组织类型:黑色素瘤

研究思路:在这项针对晚期黑色素瘤的抗PD-1新辅助治疗的临床研究中,通过收集治疗前后的肿瘤组织进行snRNA-seq,并通过多色免疫荧光染色和公开数据集,确认晚期黑色素瘤的抗PD-1的新辅助治疗的效果,并进行相关验证。

研究结果:通过snRNA-seq的数据发现了与抗PD-1治疗效果密切相关的四个细胞亚群,并揭示了四个细胞亚群间的相互作用有助于抗肿瘤免疫。此外,研究还基于这四个亚群,开发了的新的预测模型,该模型在评估抗PD-1治疗效果方面具有显著潜力。
 

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05 应用文章

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通过snRNA-seq和scRNA-seq的互补数据更新的皮肤转录组图谱
期刊:Journal of Dermatological Science
影响因子:3.68
发表时间:2024.6
应用组织类型:皮肤

研究思路:对同一个皮肤样本分别进行snRNA-seq和scRNA-seq,并结合了先前发表的scRNA-seq相关数据,从而分析比较出两种方法在细胞比例和基因表达上的差异。同时,通过Slingshot分析对角蛋白细胞和成纤维细胞的分化轨迹进行分析。

研究结果:snRNA-seq对线粒体和核糖体RNA的污染较不敏感,且在检测转录因子方面表现出更大的能力。snRNA-seq识别出了更多在空间和功能上相关的角蛋白细胞簇,这些细胞簇构成了具有预期分化动态的细胞轨迹。同时,也发现了角蛋白细胞不同分化阶段的新标志物,例如LYPD3、EMP2和CSTB,并确定了NFIB和GRHL1是与角蛋白细胞增殖和功能分化相关的转录因子。另一方面,scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞,并可检测到激活状态的成纤维细胞。
 

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06 应用文章


脑单核转录组学研究表明聚苯乙烯纳米塑料可能通过引起能量代谢紊乱诱发小鼠类似帕金森病的神经退行性疾病。
影响因子:12.2
发表时间:2022.2
应用组织类型:

研究思路:研究者对暴露于0.25-250mg/kg体重(BW)聚苯乙烯纳米塑料(PS-NP,50nm)的C57BL/6 J小鼠进行了28天的重复剂量口服毒性研究。并通过对脑组织进行单核RNA测序,分析PS-NP在小鼠大脑中诱导的细胞特异性反应。

研究结果:PS-NP会通过多种途径导致小鼠帕金森病(PD)样神经变性。各种脑细胞之间的紊乱反应主要与所有脑细胞的能量代谢紊乱和线粒体功能障碍有关,特别是在兴奋性神经元中,伴随着星形胶质细胞和小胶质细胞的炎症紊乱,可以发现星形胶质细胞、少突胶质细胞和内皮细胞的蛋白稳态和突触功能调节功能障碍。这些反应可能在PS-NP驱动的PD样神经变性发病机制中协同作用。此外,也发现PS-NP主要通过在黑质致密部(SNc)和纹状体中引起能量代谢紊乱,可能导致PD样神经变性。这表现为三磷酸腺苷(ATP)含量和ATP相关基因和蛋白质表达水平的降低。鉴于纳米塑料对人类不可避免且日益增长的暴露风险,纳米塑料暴露的神经健康风险值得认真考虑。
 
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