荧光定量PCR是通过检测并记录反应体系中荧光信号的变化来实时监测整个PCR进程，扩增曲线是描述PCR动态进程的曲线，以循环数为横坐标，以反应过程中实时荧光信号强度为纵坐标。
理论上PCR过程中反应产物是以指数增长的，但随着PCR循环数的增加，DNA聚合酶失活、dNTP和引物枯竭、反应副产物阻碍反应等原因，致使PCR的扩增效率降低，产物生成的速度逐渐减缓，因此扩增曲线是一条“S形”曲线。
扩增曲线可以分成四个时期：基线期，指数期，线性期，平台期。

基线期：扩增曲线的水平部分，扩增的荧光信号被荧光背景信号所掩盖，无法判断产物生成量的变化。
指数期：PCR指数扩增期，扩增曲线起峰，每个循环的产物量与初始模板量符合指数关系，PCR产物量的对数值与起始模板量之间存在线性关系。
线性期：PCR反应后期，由于PCR反应体系各成分的消耗、产物抑制等因素的影响，反应效率降低，产物量与初始模板量不再符合指数关系。
平台期：PCR反应停止，PCR产物不再随循环数增加而增加。由于影响PCR扩增的因素错综复杂，每个反应进入平台期的时间和平台期的高低都各不相同。
 
                                                       Cycles

                                                         扩增曲线示意图
扩增曲线中还有几个重要的名词值得注意！
基线（baseline）：由于荧光背景的存在，PCR反应的最初3~15个循环的荧光信号变化不大，接近一条直线，即为基线。
1、基线可以自动生成也可以手动设置，设置时需考虑在消除荧光背景的同时，不能覆盖非荧光背景的扩增信号。
2、同一次反应中对于不同的基因需要单独设置基线，目前各种荧光定量 PCR软件的最新版本允许对单个样品自动优化基线设置。
阈值（threshold）：在扩增曲线的指数增长区域内，选择任意适当位置设定的荧光检出界限。
1、荧光阈值一般由仪器自动设置，也可以手动设置。荧光域值为基线荧光信号标准差的10倍。
2、同一次反应中对于不同的基因可单独设置阈值，但对于同一个基因扩增一定要设置相同的阈值。
Ct值（Cycle threshold valve）: 指每个PCR反应管内的荧光信号到达设定域值时所经历的循环数。
1、Ct值位于指数期的开始阶段，此时样品间细小误差尚未放大且扩增效率相对恒定，每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系。
2、Ct值具有重现性，分析时一般取15~35，Ct值太大或太小都会影响定量分析结果的准确性。
Ct值的计算方法有两种：
1、交点法：通过阈值和扩增曲线的交点计算Ct值，Ct值会随阈值的设定位置不同而发生变化，实验间误差较大。
2、二次曲线峰值法：通过将扩增曲线二次求导后取其峰值计算Ct值，Ct值不会随阈值的设定位置不同而变化，实验重现性高，同时能排除仪器检出误差的影响。
良好的扩增曲线特征：
1、基线期平整——基线平直或略微下降，无明显的上扬趋势；
2、指数期明显——指数期起峰，陡度较大，曲线拐点清楚；
3、 曲线整体平滑——线性期慢慢趋于平整，平台期基本平整；
4、重复性好——复孔间扩增曲线的指数期重复性较好，Ct值尽量一致，相差最好不要超过0.5个Ct值。