纽勤农业基因组学:
增强全球食品安全纽勤的子公司GeneSeek 是全球领先的农业基因组学实验室，自1998 年起便开始提供全面的兽医和农业基因组学诊断解决方案。在农产品生产商需要就畜群作出决定时，GeneSeek 可为其提供必要的信息，进而为农场内的食品安全问题提供基因组学解决方案。GeneSeek 在美国、巴西和欧洲都拥有农业基因组学专家，能将专业知识在全球传播，以特定语言为全球牛肉和牛乳供应的关键地区提供特定于某个市场的协助。在全球人口快速增长的形势下，专家预测到2020年，世界所需的食物将至少增加百分之三十。 届时，农民们将会被迫使用同等的资源来生产更多的食物，并将对环境的影响降至最小。因此，农业基因组学将在增强食品安全方面扮演不可或缺的角色。

GeneSeek由纽勤支持，为食品和动物安全提供基因组学解决方案和增加农业产量所必需的重要基因组学信息.结合纽勤在2012 年获得的Igenity 生物信息学系统，GeneSeek 便拥有了一套工具可以帮助牛肉和牛乳生产商辨别积极或消极的性状，同时使用这些信息来做出正确的繁殖决定，从增加想要的畜体性状（如大理石花纹）到避免遗传病（如小腿弯曲）。GeneSeek 是农业领域重要的技术服务商，提供Illumina 的Infinium BeadChip服务。这些芯片由顶级的农业研究人员用成千上万已在农业范围内得到证的单核苷酸多态性（SNP）研发而成.它们可提供的平均检出率高达99%，可重复性高达 99.9%。纽勤和GeneSeek可提供众多的工具和服务，随时准备帮助生产商加强全球食品安全。

关于纽勤
成立于 1982年的纽勤公司（纳斯达克：NEOG）已经增长为一个全球性企业，在美国和世界各地拥有超过750名员工。纽勤坚定不移地致力于实现和满足客户所期望的质量标准。纽勤的动物安全部在农业动物基因组学方面处于领先地位，开发并销售众多动物医疗产品，包括药物、诊断、兽医器械、伤口护理、消毒剂和灭鼠剂。纽勤的食品安全部开发和销售一站式解决方案，用于简单、快速并准确地检测细菌致病菌、毒枝菌素、食品过敏原、基因改造、药物和农药残留、反刍动物副产品以及食物和动物饲料中的卫生问题。再加上 GeneSeek的基因组学工作，纽勤可为生产商提供必要的产品和服务，以加强农场内外的食品安全。

肉牛的基因组学解决方案

结合 Igenity 生物信息学技术，GeneSeek可为生产商提供必要的信息，以供其在早期作出最佳的繁殖管理决策，既省时又省钱。通过基因信息，生产商便可以更准确地预测关键性状，如大理石花纹和眼肌面积。
GeneSeek工具提供：
•  全基因组选择
•  确定遗传优势
•  识别数量性状基因座
•  比较遗传学研究
GeneSeek牛全基因组低密度 SNP芯片（GGP-LD）定制的 GeneSeek 牛全基因组（GGP）低密度微珠芯片基于美国 illumina 公司的 infinium化学技术，包含预测遗传优势所必需的 10,000 多个SNP 标记。如此多的SNP 确保了精确度，且包括了许多疾病和生产性状SNP，包括 Igenity档案、谱系SNP和关键的异常性状。数据管理纽勤和 GeneSeek使用最先进的工具来进行数据管理和生物信息处理，确保了您可以以最适合您需要的方式来轻松访问数据。

IgenIty 的优势

Igenity 能提供最全面的肉牛基因档案。Igenity可帮助牛肉生产商在选择、繁殖、管理和销售牛时得到更充分的信息，从而更自信地作出决策，而且比以前更为及时。Igenity档案：全面、实用且强大

•  剩余采食量                   •  难产率
•  日增重                         •  温顺性
•  嫩度                            •  肌生成抑制蛋白
•  大理石花纹                   •  毛色（纯合子黑色）
•  质量等级                      •  特殊品种，有角/无角
•  产量等级                      •  复杂公畜谱系
•  脂肪厚度                      •  牛病毒性腹泻–持续感染
•  眼肌面积                          （BVD-PI）诊断试
•  小母牛受孕率               •  特殊品种遗传缺陷多重试验
•  保持力

Igenity有角/无角
众所周知，商品牛如果有角，则会引起生产力降低，且会损坏畜体。Igenity可对数个品种进行有角/无角分析，包括夏洛来牛、盖普威牛、海福特牛、利木赞牛、西门塔尔牛和短角牛。

SeekSire谱系检测
SeekSire 是专为牧场主、畜牧生产者和养殖协会而开发的，因为他们需要以高度精确且成本效率较高的方式来管理其畜群的谱系。SeekSire 可以用来维护牧群登记、促进基因改良并管理畜群生产和质量。此外，一旦在一个畜群中所使用的所有公畜和母畜都通过 DNA得到了识别，便可识别所有后代，进而实现完全的可追溯性。服务包括用于分配公畜的基因分型和生物信息学。牛怀孕早期检测作为一个受到认证的生物追踪实验室，GeneSeek 为牛肉和乳牛生产商提供 BioPRYN®牛怀孕早期检测诊断检测服务。BioPRYN 是一个安全精确的怀孕检测工具，作为农场兽医服务的一个补充，它为牛群提供了触诊和超声波之外的诊断方法。BioPRYN测量在牲畜的血液循环中是否存在只在怀孕时产生的蛋白质B（PSPB），只有成长中胎儿的胎盘才会产生这种蛋白质。母牛和小母牛必须在接种后 28天方可接受此试验，母牛在产犊后73 天方可接受此试验。

遗传异常测试

遗传病不仅会导致生产商的经济损失，还会对牲畜造成过大的压力。在接种前的遗传测试可以给生产商提供必要的信息，以做出最佳的接种决定，从而避免遗传病，诸如：
•  小腿弯曲（多发性关节硬化症）
•  神经性脑积水（NH）
•  先天性西昌趾（挛缩性蜘蛛指综合征）
•  肺发育不良，并全身水肿（PHA）
•  胫侧半肢畸形（TH）
•  特发性癫痫（IE）
•  骨硬化病
•  软骨发育异常
•  皮毛光滑
•  褐色
•  甘露糖苷过多症

提交表单和订购表单可在 www.igenity.com上找到

乳制品的基因组学解决方案

乳牛的基因测试为生产商提供必要的信息，以使其了解牲畜的积极和消极性状，如不育、有角/无角和脊椎畸形综合征（CVM）。

GeneSeek奶牛基因组分析（低密度）与肉牛的基因组方案一样，客户定制的GeneSeek基因组分析方案（GGP）的低密度芯片采用Illumina Infinium化学技术，包括了近10,000 个SNP，含有很多疾病和生产性能特征。GGP正快速成为性能测试的全球标准。

GeneSeek 奶牛基因组分析（高密度）定制的牛 GGP-HD微珠芯片包括 78,000多个 SNP，用于得到增强的基因组选择能力，而且极度适合于推算到更高密度的标记集以支持研究，可用于最精确地预测优良品种个体.

GGP芯片还包括：
•  SNP谱系                                                                              •  乳牛（泽西种）生育单倍型1
•  β-酪蛋白 A/B                                                                        •  卡帕-酪蛋白I和II
• β-乳球蛋白                                                                             • 银色稀释
•  黑/红色外标记颜色                                                                  •  Y染色体不育
• 牛白细胞粘附缺陷病（BLAD）                                                   •  脊椎畸形综合征（CVM）*
•  软骨发育异常                                                                         •  有角/无角
•  瓜氨酸血症                                                                            •  β-酪蛋白A2*
•  尿苷磷酸合成酶缺陷症（DUMPS）                                            •  短脊椎综合症*
•  褐色                                                                                     • 毛发稀少-KRT71基因（鼠尾）*
•  乳牛（荷尔斯坦因种）单体型影响生育
（HH1，HH2，HH3）

*这些选配的、需要许可证的试验需要额外的检测费

SeekSire血统测试和怀孕检测

GeneSeek的 SeekSire程序和早期怀孕检测也可用于乳牛

商品小乳牛档案
用 GGP芯片技术加速您畜群中的遗传进展

许多乳制品生产企业从畜群的大批量基因组筛选的投资中得到了极大的回报。乳制品生产商有大量替代小母牛可供选择。由于性控精液的使用，乳牛繁殖的效率变得越来越高。使用了 Gen-eSeek全基因组分析方案（GGP）定制基因分型微珠芯片，生产商便可就谱系的雌性方作出决定，而之前的大多数遗传进展都是通过选择公牛来实现的。GGP 的结果比标准的父母平均值预测方法有显著提高。测试您的畜群可以就数个不同的性状得出高度可信的基因组数据，这些性状包括：

健康性状                                              类型性状
•  纯价值                                             •  最终得分（PTAT）                        •  乳房裂缝
•  女儿                                                •  肢/蹄                                          •  乳房深度
•  受孕率                                             •  综合                                           •  前乳头分布
•  繁殖期（月份）                                 •  乳房综合                                     •  后乳头分布
•  体细胞评分                                       •  体高                                           •  乳头长度
产量性状                                              •  强壮度                                        •  总性能指数（TPI）
•  牛奶                                                •  体高
•  脂肪（磅）                                       •  产乳形态
•  脂肪（%）                                       •  尻角度
•  蛋白质（磅）                                    •  髋宽度
•  蛋白质（%）                                    •  后腿侧视图
产犊性状                                              •  后腿后视图
•  女儿妊娠率                                       •  蹄角度
•  女儿易产性                                       •  肢蹄得分
•  女儿死胎率                                       •  前房附着

                                                          •  后房高度

猪的基因组学解决方案
GeneSeek 的猪基因组学解决方案为窥探猪的遗传结构打开了一个重要的窗口，包括是否易感染治疗昂贵的疾病以及繁殖中对想要性状的锁定。

GeneSeek猪全基因组低密度微珠芯片
该微珠芯片提供约 10,000个 SNP，包括经常使用的 USDA血统和身份 SNP、用于识别品种的 SNP以及和结构稳定性相关的 SNP。其它性状标记包括：

• 应激综合症基因（HAL）                                     •  红细胞生成素受体—和 子宫容量以及
•  酸肉基因（RN）*                                             同胎生仔数相关
•  大肠杆菌腹泻抗性基因（F4 ab/ac）*                  • 与生长和肉质性状关联的 6 个特定     
•  PRRS抵抗性/耐受性                                             SNP：采食量/饲料转化率/增重/瘦肉
•  雌激素受体基因（ESR）*：对大白猪或长白              率/脂肪含量和肉质。
猪的产仔数性状有较大影响                                     基因:MC4R、HMGA、CCKAR、CAST、PRKAG

*这些选配的、需要许可证的试验需要额外的检测费

猪SNP60微珠芯片
这一微珠芯片包括 64,000多个SNP，遍布猪的整个基因组，可以高效率且高通量检测。

SeekGain性能标记：GeneSeek的猪生产性状测试程序
GeneSeek提供经过验证的猪生产性状 DNA 标记测试，使用的是来自七个独特基因的信息，这
些基因的影响范围如下：

•  摄食量和饲料转化率           •  同胎生仔数
•  增重                                （雌激素受体）
•  精肉增长                          •  同胎生仔数
•  脂肪含量                           （红细胞生成素）
•  肉质

额外试验
GeneSeek还为猪提供众多基因和疾病诊断法，包括：
•  应激综合症基因（PSS）
•  猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）和猪圆环病毒 2 型（PCV2）
•  SeekSire血统测试
•  SeekTrace 来源验证程序
•  大肠杆菌 F4ab/ac 遗传测试

绵羊的基因组学解决方案
绵羊的基因组学测试可以提醒生产商注意一些问题，而如果不进行测试的话，很可能再过几年他们才能发现这些问题。也可用它来为畜群的繁殖做出正确的决定。GeneSeek的绵羊基因组学测试解决方案包括：

•  全基因组选择
•  确定遗传优势
•  识别数量性状基因座（QTL）
•  比较遗传学研究

可用的Illumina基因分型试验
•  绵羊SNP50微珠芯片—54,000多个大信息量的 SNP标记
•  山羊 SNP50 微珠芯片—53,000多个 SNP标记
•  还有定制的微珠芯片

绵羊遗传试验
•  绵羊进行性肺炎病毒            •  羊蜘蛛腿综合征
（OPPV）易感性                   •  肌生成抑制蛋白
•  痒病易感性                        •  SNP 谱系

马和狗的基因组学解决方案
这些遗传检测可以确定马或狗是否具有想要的繁育特性，另外，如果对马或者狗的血统有所怀疑的时候，经过这样的检测证明它们的血统。
•  马 SNP70微珠芯片—70,000 个大信息量的 SNP标记
•  狗 HD微珠芯片—170,000 多个 SNP 标记
• 血统验证—公畜确认

针对研发的基因组学解决方案
GeneSeek为研发提供众多基因组学解决方案，从小鼠到植物基因分型。

小鼠通用基因分型试验

MEGA小鼠通用基因分型试验（MUGA）提供 76,000 个根据Illumina Infinium 平台建立的SNP标记。
这些SNP 标记分布于整个小鼠基因组。为了让这些基因分型结果能够得到最高效的应用，实验设计让每一个被测试的SNP都独立的提供了最大量的标记信息。

Mega MUGA的设计标准优化了杂合子区域的检测以及纯合子区域内单倍型之间的区分。该实验的等位基因频率和单倍型是从八个实验室小鼠品系得出的，这些品系是基因交互协作的基础。

定制基因分型微珠芯片
有了这些微珠芯片，便可查询几乎任何物种的任何SNP。Infinium微珠芯片化学技术的高度重复性和灵活性，是定制研究的理想选择。

植物基因分型
GeneSeek可为任何规模的定制项目提供基因分型服务：种子质量控制、转基因分析、全基因组扫描或标记辅助选择。

GeneSeek持续开发新方法和系统，用于从各类型植物中进行样本收集、储存、DNA提取和基因分型。从一个很小的叶片中，GeneSeek就能够使用专用的分子应用技术来分析感兴趣的目标。

定制基因分型解决方案：标记辅助选择（MAS）和管理（MAM）
GeneSeek 也提供强大而精确的质谱法用于SNP分型。GeneSeek 用灵活的可定制方案来提供常规基因分型服务（从 1 个到1,000 个SNP），帮助一些项目使用遗传信息来进行选择和繁育，这之中没有样本数目的限制。不管样本必须每天、每周还是每月进行基因分型，GeneSeek都可以提供灵活的周期和可用于任何应用的数据质量。
GeneSeek MAS项目的关键特性包括：
•  以质谱分析法为基础的检测系统可提供灵敏、准确且快速的分析。
•  便于使用的多重试验设计以及优化软件节省研究时间，并将效率最大化。