瞬时转染（Transient transfection）是广泛使用的制造方法之一，具有快速开发、灵活度高、可以生产多种rAAV等优势。其工艺开发工作集中于细胞系工程、克隆筛选、质粒配置改进和工艺优化上。粘附瞬时转染（aTT）主要用于科研小规模rAAV生产和材料的生成，将质粒替换为不同的目标基因，使用单个宿主细胞系就可以生产多个构建体，缩短筛选和开发时间。然而，aTT工艺的可拓展性和制造一致性仍存在不少挑战。使用aTT进行rAAV生产需要大量实验员进行操作，劳动密集程度高，同时可能导致批次间重复性差，流程难以验证等问题。
 

悬浮瞬时转染（sTT）能够在搅拌罐生物反应器中放大细胞培养，同时降低液体处理的要求，近年来被认为是更理想的解决方案。有研究成功开发出高表达的细胞系并成功放大至数百升的生物反应器中。

杆状病毒表达载体系统（Baculovirus expression vector systems）具有利于放大扩展、相较于哺乳动物细胞平台的体积生产率更高、不含动物成分等优点。但仍存在载体蛋白比率不一致，翻译后修饰等问题，阻碍了大规模rAAV生产的实施。

生产细胞系（Producer cell lines）系统被认为是成本低、稳定性高、可拓展的生产平台。其主要缺点是前期获得稳定的工程细胞系需要耗费大量时间和资源。随着基因治疗的商业化，市场将需要更高产量更低成本的产品，应运而生的则是可诱导生产细胞系（iPCL）系统。该系统利用化学诱导启动子调控基因的表达，同时具有可拓展、稳定性高、产量高的优势。诱导表达同时还可以减少基因表达的副作用，如细胞死亡、生产延迟等。利用该系统rAAV的生产可以分为细胞生长和病毒载体产生阶段。细胞生长阶段可以采用高密度细胞培养工艺来增加生物量。

有研究表明，使用小体积平行生物反应器可以借助高通量与平行性的优势来做DOE实验，帮助快速筛选合适培养基、微载体以及工艺参数。也有团队通过平行生物反应器开展灌流工艺获得了更高的单位体积产量。
 

Minibox CloudReady云反应器可根据用户需求增加数量几百套上千套生物反应器，没有数量限制，轻松实现高通量。采用先进实验室信息管理系统（LIMS）概念、项目制管理，实现分布式控制。强大的软件可以将所有事件从配方执行到历史记录，所有的操作记录将自动收集并整合到详细的批量报告中。开展更多实验的同时降低实验成本，并大幅提高了实验室效率，让工艺开发的平台能力飞跃提升。