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从昆虫样本提取核酸过程中的常见问题

2023-05-16     来源:本站     点击次数:1117

 问:对于干燥过的昆虫样品,如蚊子,这种方法是否有效?

答:对于特别干燥或陈旧的样品,你需要先将样品均质化后再进行核酸提取,以获得尽可能多的DNA。

 

问:这种方法能用于蜱虫的提取吗?

答:是的,《极地研究》在2015年发表了一项专注于蜱虫传播病原体的研究。这篇文章可以在我们的网站上找到。去年发表的另一项研究显示,德克萨斯州的一个小组对大约200只蜱虫进行了采样,并使用MicroGEM方法提取DNA来研究分子标记,以帮助进行物种鉴定。

 

问:我可以根据昆虫的大小来增加和减少试剂吗?

答:可以,如前面所示,我们有小组使用昆虫的一部分,如蚊子腿,他们将试剂缩减到10ul。如果你想从一个特别大的样品中提取,你可以很容易地放大到100ul 200ul。你只需将试剂移入一个较大的管子,如1.5ml的Eppendorf管,并使用1.5ml的恒温混匀仪进行加热。扩大和缩小试剂的规模是很重要的一点,因为TDE方法在提取过程中不会浓缩DNA。最终的浓度取决于样品的质量,也取决于起始试剂的体积,所以正确的起始体积可以确保你的DNA样本有一个适当的浓度。

 

问:我该如何进行均质处理?

答:只需按照你正常的方法进行均质化。使用一个手持式均质工具,你可以在MicroGEM试剂中研磨样品。你也可以在液氮中冷冻样品,然后将其磨碎。

需要考虑的是,我们的提取过程不能从混合液中去除下游的抑制剂。如果你使用的均质化缓冲液含有可能抑制PCR或者测序的化学物质,这些化学物质会留在混合液中,影响你的进一步分析。所以尽量不要在含有抑制PCR或测序的试剂中进行均质处理。

 

问:该提取物是否与所有PCR试剂兼容?

答:是的,它与我们测试过的所有试剂都兼容。

 

问:我们面临的特殊挑战是处理小甲虫(鞘翅目)。我们使用蛋白酶K,但没法让它通过甲壳质进行消化。你们的酶是否能够做到这一点?

答:由于我们的PrepGEM酶提取温度高至75°C,所以我们对甲壳质样品有更好的裂解效果。一些客户还使用昆虫学针在每个甲虫身体上打一个小孔,以帮助DNA的提取。
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