为帮忙大家更快了解最新科研进展，掌握科研热点，扩展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文献速递系列推文。本期是2025年2月最新发表的空间转录组相关高分文献集萃，2月不仅有常规空间转录组，还有Xenium高分文章哦！

高分文献一 01
标题：Signal Transduct Target Ther - 时空转录组学揭示了暴发性病毒性心肌炎的发病机制

文章标题：Spatiotemporal transcriptomics elucidates the pathogenesis of fulminant viral myocarditis
期刊：Signal Transduct Target Ther
影响因子：40.8
文章摘要：暴发性心肌炎（FM）是一种严重的心肌炎症状况，经常导致猝死，特别是在年轻人中。在本研究中，我们采用单核和空间转录组学对柯萨奇病毒B3（CVB3）诱导的A/J小鼠FM进行了综合分析，跨越了治疗前和治疗后7个不同的时间点。我们的研究结果表明，间皮细胞作为CVB3感染的主要靶点，在心肌炎的早期阶段发挥着关键作用。这触发巨噬细胞的激活，引发一级炎症。随后，促炎炎症_mac和T细胞浸润心肌，导致组织损伤。我们还鉴定了Cd8+效应T细胞是心肌细胞损伤的关键介质。这些细胞释放细胞毒性分子，特别是IFN-γ，它可以调节Spi1的表达，Spi1是一种与加剧心肌细胞死亡和放大疾病进展有关的因子。针对IFN-γ/ Spi1轴的治疗干预在FM模型中显示出显著的疗效。值得注意的是，静脉注射免疫球蛋白（IVIG）治疗降低了死亡率，抑制了病毒增殖，并减轻了FM的过度炎症状态。IVIG治疗还下调了IFN-γ和Spi1的表达，强调了其免疫调节和治疗潜力。这种全面的时空转录组学分析为FM的发病机制提供了深刻的见解，并强调了可操作的治疗靶点，为这种危及生命的疾病的更有效的管理策略铺平了道路。

高分文献二：Xenium技术顶刊 02
标题：Nature-组织驻留记忆CD8 T细胞在肠道中的位置决定了它们的作用

文章标题：Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted
期刊：Nature
影响因子：50.5
文章摘要：组织驻留记忆CD8 T（TRM）细胞在屏障部位提供免受感染的保护。在小肠中，TRM细胞至少存在于两个不同的亚群中：一个具有更高的载体分子表达，另一个具有更大的记忆潜能。然而，这种多样性的起源尚不清楚。在这里，我们提出了不同的组织生态位驱动了TRM细胞的表型异质性。为了验证这一点，我们利用了人类样本的空间转录组学、急性系统性病毒感染的小鼠模型和一种新建立的合并光学编码基因扰动策略，以单转录分辨率分析病原体特异性TRM细胞分化的位置、相互作用和转录组。我们开发了计算方法来捕获沿小肠三个解剖轴的细胞位置，并可视化细胞类型和基因表达的时空分布。我们的研究表明，肠道结构的区域化信号通路支持两种不同的TRM细胞状态：分化的TRM细胞和祖细胞样TRM细胞，分别位于上绒毛和下绒毛。这种多样性是由不同的配体-受体活性、细胞因子梯度和特殊的细胞接触介导的。通过抗原特异性CD8 T细胞阻断TGFβ或CXCL9和CXCL10的感知，揭示了一个与解剖学描述的早期命运特化相一致的模型。最终，我们的组织免疫网络研究框架揭示了T细胞的位置和功能状态从根本上是相互交织的。
 

高分文献三 03
标题：Nature-人类下丘脑全面的空间细胞图谱

文章标题：A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus
期刊：Nature
影响因子：50.5
文章摘要：下丘脑是大脑中一个在协调基本生物学功能中起着关键作用的区域。然而，直到最近，我们对其潜在的细胞成分和神经回路的理解才主要来自于啮齿类动物的研究。在这里，我们将433,369个人类下丘脑细胞的单核测序与空间转录组学相结合，生成了一个全面的下丘脑空间细胞转录图，即“低胚层”。尽管基于转录组特征，人类和小鼠之间的神经元细胞类型的保守性通常很高，但也有明显的例外。特别是，这两个物种之间的前阿片黑素皮质激素神经元的身份和g蛋白偶联受体的表达水平存在显著差异，这些差异对目前批准的肥胖治疗有直接影响。在452种下丘脑细胞类型中，我们发现有291个神经元簇在身体质量指数（BMI）全基因组关联研究基因的表达方面显著富集。这种富集是由426个“载体”基因驱动的。其中6种罕见的有害变异（MC4R、PCSK1、POMC、CALCR、BSN和CORO1A）在人群水平上与BMI相关，而CORO1A以前没有与BMI相关。因此，亚代谢酶提供了空间背景下人类下丘脑的详细图谱，并作为一个重要的资源来确定新的药物靶点来治疗各种疾病，包括生殖、昼夜节律和代谢障碍。
 

高分文献四 04
标题：Nature - 揭秘胶质瘤髓系细胞功能

文章标题：Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
期刊：Nature
影响因子：50.5
文章摘要：神经胶质瘤是一种不可治愈的恶性肿瘤，以其具有免疫抑制微环境和丰富的髓系细胞而闻名，其免疫调节表型仍然不佳。在这里，我们通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植体系统，系统地研究了这些表型。我们发现了四种免疫调节表达程序：小胶质细胞炎症和清道夫免疫抑制程序，这都是原发性脑肿瘤所特有的，以及系统炎症和补体免疫抑制程序，这也在非脑肿瘤中表达。这些程序并不取决于髓系细胞类型、发育起源或肿瘤突变状态，而是由微环境线索驱动的，包括肿瘤缺氧、白细胞介素-1β、TGFβ和标准护理地塞米松治疗。它们的相对表达可以预测免疫治疗反应和总生存率。通过将各自的程序与介导的基因组元件、转录因子和信号通路联系起来，我们发现了操纵髓系细胞表型的策略。我们的研究为理解神经胶质瘤中髓系细胞的免疫调节提供了一个框架，并为开发更有效的免疫疗法奠定了基础。