超声法
机械法片段化以非偏倚的方式控制片段大小，无GC偏好性。但在打断过程中，DNA溶液的物理散射常常导致DNA样本的丢失。因此，当投入的DNA量为皮克级时，不建议使用机械法进行打断。
对于dsDNA片段化，超声打断堪称一代宗师。打断的DNA片段更为集中且无偏好性，是目前NGS建库中片段化的金标准。
深圳达远辰光科技有限公司提供的聚焦超声样品处理系统，使用高频聚焦超声波将能量集中于DNA样品，整个过程温度可控，无样本接触，提供了快速、标准的DNA片段化结果。
酶法
酶切法打断是利用片段化酶对基因组DNA进行随机打断，会有GC偏好性（富含GC碱基的核酸片段区域比较不容易打断），在后续的测序分析会产生更多的错误信息。
缺点：
1 容易产生假阳性突变
根据研究表明，相对于机械打断法，酶法构建的文库中产生了更多的SNV（单核苷酸位点变异）/indels（插入缺失）。

图1 本文研究对使用超声和酶解片段化方法制备的相同肿瘤DNA样品的体细胞变异进行了比较，分析结果显示，与通过超声处理产生的文库相比，酶切法处理的文库中反复出现的人为引入的SNV（单核苷酸位点变异）/indels（插入缺失）数量要多2-9倍。
2 不稳定的文库产出
通过酶切时间灵活控制片段大小在 150-600 bp 之间，以适配不同的应用场景。然而，在实际使用中，对于测序读长模式相对固定（PE150）的靶向捕获应用而言却是一种负担。尤其是当样本数量不固定时，精确控制“分钟级别”酶切时间，获得均一的文库产出并不容易实现。特别是对于FFPE样本，该类样本常伴随不同程度的降解，很难用统一的酶切条件处理。
3 GC偏好性
可能存在GC 含量轻度升高的情况（片段化酶更加容易酶切AT）
 

	机械法	酶切法
优势	易于获得大小合适的片段	无专用设备及耗材
	无偏好性	易于自动化
	无酶和化学离子干扰	样本投入量要求更低
	二代测序结果金标准
劣势	需专用设备	有一定的偏好性
	样本量要求相对更高	样本质量要求更高
	核酸量损耗	容易产生假阳性突变

在实际操作中，用户会根据样本的初始量、实验的特异性需求以及实验成本等因素来选择片段化方法。
超声法：全基因组测序、全外显子测序、甲基化测序、ChIP-seq
酶切法：全基因组测序、全外显子测序、宏基因组测序（mNGS）