Ribo-seq技术原理与应用方向

2025-04-10 来源:本站点击次数:125

Ribo-seq技术原理

翻译（Translation）是基因表达的关键步骤，是指信使RNA（mRNA）携带的遗传信息被核糖体解码并转化为特定氨基酸序列的过程。蛋白质翻译的调控是高度精准、多层次、动态化的过程。

在全基因组水平上，转录与翻译经常存在显著差异。通过转录组测序鉴定的上调表达基因中，只有其中20%在蛋白水平上调。

核糖体印迹测序（Ribosome profiling, Ribo-seq），能够精细解析细胞内的翻译过程。Ribo-seq的技术核心是识别与核糖体结合的RNA，以及正在被翻译的约30个核苷酸。对核糖体结合的RNA片段进行测序，能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。将转录组与Ribo-seq数据联合分析，可以计算量化蛋白质的合成速率。通过Ribo-seq分析，能够鉴定新型的uORF、microPeptide、发现新颖的翻译调控机制以及能够被翻译的lncRNA。

Ribo-seq已经应用于解析生长发育与分化、疾病发生机制和抗逆分子机制的研究。

应用方向
Ribo-seq应用于研究转录本的翻译活性、鉴定翻译起始位点、密码子使用、ORF位置和mRNA的翻译调控机制。

Ribo-seq技术已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。总之，Ribo-seq能从基因组水平检测正在翻译的mRNA序列信息，揭示核糖体在mRNA上的位置和翻译活性，并帮助解析翻译调控机制。

蓝景科信优势

实验周期快、质量高、结果稳定可靠。
丰富的物种经验。

实验流程

分析内容
标准生信分析
（1）原始数据过滤与测序质量评估
（2）比对去除rRNA、tRNA、sRNA等
（3）Reads长度分布统计与长度过滤
（4）比对参考基因组
（5）测序饱和度分析
（6）ORF在基因组上的分布统计与分类
（7）三碱基节律分析
（8）翻译基因统计与表达量分析
（9）样本关系分析
（10）组间差异翻译基因分析
（11）差异翻译基因的GO和KEGG功能富集分析
（12）ORF的翻译潜力分析
（13）ORF的特征分析
Ribo-seq与RNA-seq的联合分析
（1）翻译效率计算
（2）Ribo-seq与RNA-seq的相关性分析

（3）翻译效率与转录水平的关联分析