Visium空间转录组测序,作为第一个商业化的空间转录组检测平台,这些年来极大地促进了空间组学的发展,也助力了很多高影响因子研究成果的发表。然而,第一代产品55μm尺度,OCT冷冻样本的实验方案,还是影响了大量临床石蜡样本的检测;第二代CytAssist平台的升级,不光实现了对石蜡组织样本的拓展,也解决了样本用普通玻璃片贴片再进行运送的问题;第三代Visium HD产品的升级,再次突破了检测分辨率的局限,直接从55μm提高了到2μm分辨率。虽然从分辨率上来说,2μm的大小远小于单个细胞的直径,但是从分析角度来说,由于没有更多的方法协助,还是做不到单个细胞的分辨率。如果有人跟你说,HD就是单细胞空间转录组检测,放心,他绝对在忽悠人。
然而,要想实现HD数据单细胞空间分辨率的梦想还是要有的,这会儿还真能实现了。利用上机样本的HE染色图片,结合数据2μm尺度的分辨率,我们用新的算法软件,实现了对HD数据进行细胞分割的想法。终于,在这个动荡混乱的时代,我们还是在艰苦奋斗中有了一点小的突破。终于,在AI智能时代来临之际,全转录组单细胞分辨率的Visium空间产品问世了。
让我们一起来看一下HD数据实现的单细胞空间转录组数据:
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