多发性骨髓瘤(MM)是一种以异常B细胞克隆扩增为特征的浆细胞恶性肿瘤[1,2]。B细胞在骨髓中积累，除了完整免疫球蛋白外，还分泌大量单克隆轻链(LCs)，并且15%的MM患者只产生LCs。25 kDa LCs蛋白通常由肾脏排泄或降解，但随着单克隆数量异常曾高和肾脏清除率降低，可诱导多种LC聚集体沉积在肾脏的细胞外基质中，从而导致各种疾病。目前，无法预测LCs患者血液中发现的特定单克隆LCs的体内聚集行为。为了更好地了解影响LCs溶解度及其聚集倾向的因素，也有一些研究其生物物理性质的探索，但是仍没有得出明确的结论。为了实现这一目标，创建一个包含LCs生物物理特性及其序列的数据库必不可少。

本期推送我们给大家介绍一篇法国巴斯德研究所生物部质谱团队发表在Analytical Chemistry上的文章De Novo Sequencing of Antibody Light Chain Proteoforms from Patients with Multiple Myeloma。作者结合自下而上和自上而下的蛋白质组学方法，建立了一种新的从头测序工作流程用于患者体内LCs的鉴定，无需数据库搜索。PEAKS Studio用于多肽的从头测序解析，然后基于ALPS平台(详见特别提示)进一步将这些肽段组装成全长LCs序列。自上而下的蛋白质组学提供了蛋白质形态的完整分子质量，并可以精确测定所有发生翻译后修饰的氨基酸。然后，将该工作流用于从10例多发性骨髓瘤患者的尿液中提取的LCs的完全从头测序。

作者首先对P15样本的LCs进行了完整分子量的测定，还原烷基化前后，检测到的实际分子量分别为 23576.60 Da 和 23746.74 Da。然后，使用四种不同的酶(trypsin,Lys-C, pepsin, and Nepenthes digestive fluid)分别进行酶切，优化了LC - MS/MS方法，生成的数据用PEAKS进行分析，得到从头测序的肽段，然后用ALPS[3]将这些肽段进行组装。最终得到两条组装的序列，其中一条序列的理论分子量为23746.60 Da，与先前测定的结果一致，因此被选定为候选序列。