siRNA（小于扰RNA）和shRNA（短发夹RNA）均是实现RNA干扰（RNAi）、特异性沉默基因表达的工具，但其作用机制与特性不同。

siRNA 是化学合成的双链RNA分子，长度通常为21-23个核苷酸。它直接递送至细胞质中，与RNA诱导沉默复合体（RISC）结合，引导靶向mRNA的降解。其作用瞬时，沉默效果通常在几天至一周内衰减。

shRNA 是通过质粒或病毒载体递送的DNA载体，在细胞核内转录生成具有发夹结构的单链RNA，随后被Exportin-5蛋白转运至细胞质，并经Dicer酶加工成为有功能的siRNA。它可实现稳定、长期的基因沉默（尤其在整合入基因组后）。

关键区别总结

1、持续时间：siRNA为瞬时沉默；shRNA为长期稳定沉默。

2、递送系统：siRNA通常直接转染（脂质体、电穿孔等）；shRNA需克隆至载体，通过质粒转染或病毒转导。

3、脱靶效应：两者均有，但shRNA在细胞内持续表达可能累积脱靶风险；高浓度siRNA也可能增加脱靶。

4、实验周期与成本：siRNA设计合成快，但需重复处理；shRNA构建验证耗时，但一次实验可获持久细胞系。

5、体内应用：siRNA适合局部或短期体内实验；shRNA（尤其病毒载体）更适合需要长期基因敲低的体内研究。

选择时，若需短期验证、规避基因组整合风险或开展修饰性实验，优先选 siRNA；若要长期研究、构建稳定细胞株或针对难转染细胞，shRNA 是更优选择。实验中需设置阴性和阳性对照，降低脱靶效应，确保结果可靠。