微小RNA（microRNA）是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。微小RNA样本极其复杂，因此在测序文库制备中需要做精准的片段筛选。如样本提取后含有rRNA片段、mRNA降解杂片段，建库后增加游离接头、二聚体、多聚接头等产物，都会直接影响测序结果，因此精准的核酸片段筛选对于微小RNA测序至关重要。

小RNA测序文库的特征和分选回收的要求
精准的核酸片段筛选对微小 RNA测序的意义

小 RNA 文库片段长度短、目标区间狭窄，加接头后总长度：约140–160 bp，和接头二聚体（~120 bp）与目标只差几十bp，且文库中包含多种非目标条带，可导致测序数据中90%以上可能都是无效数据，有效miRNA数据极少，浪费整个flow cell。

精准的核酸片段筛选核心是只保留 18–30 nt 目标建库片段，直接决定文库质量与数据可靠性。

* 去除过长建库片段：rRNA 片段、mRNA 降解杂片段、多聚接头产物
* 去除过短杂质：游离接头、接头二聚体、未连接成功的短序列
引自：NEBNext® Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina® Set 1, Set 2, Index Primers 1–48 and Multiplex Compatible 

建库后小RNA建库片段只占很小的比例

DNA核酸片段筛选方法对比

小 RNA 文库主流的核酸片段分选回收分三类：PAGE 切胶回收（金标准）、磁珠分选（快速）、全自动仪器（精准贵）。优缺点对比如下：
总结
由于小RNA文库范围窄，限制严格，因此常规的琼脂糖凝胶切胶法分辨率无法达到要求，目前的金标准还是使用变性 PAGE 胶切胶回收，但是变性 PAGE 胶的制备和回收需要的时间较长，且切胶条带非常窄定位困难，条带弱易弥散，步骤多损失大，对实验人员要求高，容易出现切胶失败的现象，适合经验丰富的实验人员

双轮磁珠筛选操作简单，可集成在自动化工作站使用，但是分辨率最低，无法彻底去除小片段，仅可用于无接头二聚体无引物残留的特殊情况，不建议

Pippin Prep 全自动核酸片段筛选，分辨率低于PAGE切胶，但是能够满足小RNA文库回收要求，且使用简单，结果稳定可靠，重复性好，操作耗时更少，自动化运行，人工操作仅需5分钟，整个DNA分选回收时长仅2个小时，每次可以做5个样本，如果样本数量较多可以多轮回收，也可以选择更高通量的PippinHT，每次最多可以运行24个样本。
Nature protocols中关于Pippin Prep及PAGE胶方法对比：PAGE胶分辨率更高，但是人员操作时间长，耗时长；Pippin Prep 片段分选效果稳定可靠、人工操作耗时更少，也更适合测序中心 / 公共平台使用。

引：Hagemann-Jensen, Michael, et al. "Small-seq for single-cell small-RNA sequencing." Nature protocols 13.10 (2018): 2407-2424.
  引自：NEBNext® Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina® Set 1, Set 2, Index Primers 1–48 and Multiplex Compatible NEB Small RNA建库试剂盒推荐使用Pippin Prep作为小RNA文库核酸片段筛选回收（Size Selection）方法，回收结果如上图所示，更大及更小的非目标片段完全去除干净，仅保留很窄的小RNA目标片段

厂家介绍
Sage Science 公司位于美国马萨诸塞州，2010年成立，专注于核酸领域的样品制备，2万篇文献中应用，包括众多Nature、Science、Cell系列的文章，是DNA片段筛选回收领域的行业金标准。

Pippin Prep全自动DNA片段分选仪
* 全自动回收：采用双通道电泳回收专利技术，回收过程全自动运行；
* 精准回收：精确度高达93-99%，远高于手工切胶和DNA片段分选磁珠的方法
* 微量回收：低起始量，低至ng级，控制时间回收，不直接检测样品
* 高回收率：50-80%的高回收得率
* 省时间：5分钟的手工操作时间，无需额外制胶和切胶
* 全自动完成DNA片段分选, 软件中自由选择需要筛选的片段范围，免去了切胶纯化的繁琐步骤，比核酸片段筛选磁珠更加精准可控；
* 广泛用于DNA常规分子生物学、测序文库构建片段筛选回收（DNA Size Selection），精准彻底的去除PCR引物二聚体、非特异性片段等，去除酶切产物中非目标DNA条带，测序建库如：小RNA/small RNA文库回收、cfDNA／ctDNA循环血游离DNA／循环血肿瘤DNA测序文库、ddRAD-SEQ双酶切简化基因组测序文库、16S文库微生物测序文库回收等、ChIP-seq文库、MeDIP-seq / hMeDIP-seq甲基化DNA免疫沉淀片段测序文库、ATAC-seq转座酶可及染色质高通量测序文库、遗传病 panel 扩增子文库等各种复杂样本的处理，有效提高测序数据质量。
环亚生物科技（APG BIO）作为美国Sage Science公司DNA片段回收系列产品在中国区的独家代理商，为国内二代测序、三代测序用户提供测序样品前处理、质控的整体解决方案：组织研磨仪、单细胞悬液制备仪、细胞破碎仪、超声聚焦打断仪、全自动DNA片段分选回收仪、核酸片段分析仪、脉冲场电泳仪、全自动建库仪、荧光计、超微量分光光度计等。