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噬菌体检测与分离技术介绍:油包水微滴荧光染色实现高通量筛选

2026-07-15     来源:本站     点击次数:84

前言
东京大学、日本产业技术综合研究所(AIST)与早稻田大学的联合研究团队在《Frontiers in Microbiology》发表了重要的研究成果:基于On-chip 系列微流控设备,开发油包水微滴结合荧光染色的噬菌体检测与分离新方法。该方法以T2噬菌体和大肠杆菌为模型完成验证,成功实现活噬菌体颗粒的高通量计数、单颗粒分离与克隆培养,突破了传统方法的技术瓶颈,为噬菌体筛选技术的发展奠定关键基础。

传统方法的痛点,微滴技术来解决
噬斑测定法作为噬菌体分离和计数的金标准,已沿用超百年,但存在明显局限性:需要宿主菌在琼脂平板形成均匀菌苔,这意味着无法利用不能在琼脂上生长或会降解琼脂的细菌作为宿主,极大限制了可筛选的噬菌体范围。


而微滴微流控技术是近年来兴起的高通量筛选平台,能将生物样品分隔为独立的微滴反应室,实现单颗粒的隔离与培养,还可结合荧光技术快速区分目标微滴。

研究团队正是利用这一特性,以油包水微滴为噬菌体增殖的独立腔室,结合YOYO-1荧光染料对噬菌体核酸的特异性染色,突破了传统方法的瓶颈,还能实现液体培养,适配更多难培养的宿主菌。

核心技术流程:从微滴生成到噬菌体分离
该方法以T2噬菌体(宿主为大肠杆菌)为研究模型,核心围绕油包水微滴的生成、培养、荧光筛选、微滴破裂与噬菌体扩培展开,整个流程清晰且可高效重复,具体步骤如下:
1.微滴生成:利用微流控芯片将含YOYO-1荧光染料、T2噬菌体和大肠杆菌的水相溶液,与含氟表面活性剂的油相混合,生成直径约30μm的单分散油包水微滴,每个微滴为独立的培养体系;

2.微滴培养:将微滴在30℃下培养,让噬菌体在微滴内感染宿主菌并增殖,YOYO-1会嵌入子代噬菌体的核酸中,使发生噬菌体增殖的微滴产生特异性荧光;

3.荧光筛选:通过微滴分选仪检测微滴的荧光强度和前向散射强度,设定阈值筛选出高荧光强度的微滴(含增殖的噬菌体),并将其单独分离至96孔板中;

4.微滴破裂与扩培:向含目标微滴的96孔板中加入“空白微滴”,利用静电力(等离子球)触发微滴链式破裂,释放内部的噬菌体;随后加入新鲜大肠杆菌培养液,实现噬菌体的规模化培养;

5.验证检测:通过点斑试验和噬斑测定法,验证分离微滴中是否存在活噬菌体,并对噬菌体滴度进行定量分析。
 


关键实验结果:荧光与噬菌体增殖高度关联
1.YOYO-1荧光强度与噬菌体浓度正相关
研究检测了含不同浓度T2噬菌体的微滴荧光强度,结果显示,微滴的荧光中位数随噬菌体浓度升高显著增加,噬菌体浓度越高,荧光强度分布范围越广;低浓度噬菌体样品的微滴荧光分布则更集中。这表明YOYO-1可精准反映微滴内的噬菌体含量,为后续荧光筛选提供了依据。


2.噬菌体增殖驱动微滴荧光特异性升高
研究通过对比含噬菌体+大肠杆菌+YOYO-1和仅含大肠杆菌+YOYO-1的两组微滴,培养过程中只有含噬菌体的组出现高荧光强度亚群,且该亚群的比例和荧光强度随培养时间增加而显著提升;培养5小时后,超130荧光强度的微滴占比大幅上升,而无噬菌体组的高荧光微滴占比始终低于0.5%。同时,噬斑测定法显示,微滴内的噬菌体滴度在培养1小时内就提升了17倍以上,9小时内持续稳定增加,荧光强度的变化与噬菌体增殖趋势高度一致,证明高荧光微滴确实是噬菌体感染增殖的结果。

3.显微镜下直观观察噬菌体增殖
通过明场和荧光显微镜对培养0h、3h、5h的微滴进行拍照,发现含噬菌体的微滴在培养3h后就出现明显的绿色荧光,5h后荧光进一步增强,且微滴内的大肠杆菌数量随时间显著减少;而无噬菌体的微滴全程无明显荧光,大肠杆菌数量无显著变化。直观证明了微滴内的噬菌体成功感染并裂解宿主菌,且荧光信号可通过显微镜直接识别。

4.单微滴分离实现噬菌体克隆,回收率35.7%
研究将培养5h后的高荧光微滴分离至96孔板,经破裂和扩培后,点斑试验结果显示82/230个孔为噬菌体阳性,回收率达35.7%;而分离的低荧光微滴经检测均为噬菌体阴性,证明该方法能精准筛选出含活噬菌体的微滴,实现单噬菌体颗粒的克隆分离。

研究结

该研究首次建立了基于油包水微滴和荧光染色的活噬菌体颗粒检测与分离方法,以T2噬菌体为模型验证了方法的可行性:通过YOYO-1特异性染色噬菌体核酸,突破了传统噬斑测定法的宿主限制,实现了噬菌体的液体高通量筛选,为环境中未知噬菌体的挖掘提供了新工具,也为噬菌体筛选技术的高通量、自动化发展奠定了重要的实验和理论基础。

参考文献
HoshinoM,OtaY,SuyamaT,etal.Water-in-oildroplet-mediatedmethodfordetectingandisolatinginfectiousbacteriophageparticlesviafluorescentstaining[J].FrontiersinMicrobiology,2023,14:1282372.

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