文献标题：
Integrated analysis of miRNAs and mRNAs in thousands of single cells
数千个单细胞中miRNA 与mRNA 的整合分析 miRNA（微小RNA）是关键的转录后调控因子，参与几乎所有生物学过程和疾病发生。其通过碱基互补配对识别靶mRNA，加速靶mRNA降解或抑制其翻译。单细胞水平同时测序 miRNA 和 mRNA ，对理解 miRNA 的功能作用机制极其重要。

来自北京生命科学研究所和清华大学的团队，开发了一种并行小 RNA 与 mRNA 共分析方法（PSCSR-seq V2），突破目前细胞样品庞大和miRNA含量低的限制，在单管内实现高通量、高灵敏度并同时分析数千个单细胞的miRNA和mRNA，可推动miRNA功能研究和临床转化应用。 创新：同一管中同时构建小 RNA 文库和 mRNA 文库，基于条形码序列保留细胞身份，通过DNA片段筛选（DNA size selection）分离两种文库后进行测序。
01  单细胞悬液分配到纳米孔芯片，成像筛选活细胞
02  细胞裂解释放总 RNA
03  small RNA 3' 接头连接（最先进行）
04  mRNA 反转录 + SMART-seq 反应（模板转换寡核苷酸连接接头）
05  去除游离 3' 接头，小 RNA 5' 接头连接
06  小 RNA 反转录
07  PCR 引入细胞条形码
08  通过DNA片段筛选（DNA size selection）分离小 RNA 文库和 mRNA 文库
09  分别扩增和高通量测序
Size selection是PSCSR-seq V2的关键步骤之一。小RNA和mRNA文库的测序读长需求不同，且小RNA含量极低，混合测序会导致数据相互干扰，无法有效分析miRNA表达。因此，PSCSR-seq V2 建库流程中引入Sage Science 公司 Pippin Prep 全自动 DNA 片段筛选系统对文库进行了精准的分离，实现单细胞水平 miRNA 与 mRNA 双组学同步建库，提升双文库测序纯度与分辨率。一半样品使用 3% 琼脂糖胶体系精准回收134–162 bp目的片段，用于构建高纯度小 RNA（miRNA）文库；另外一半样品采用 2% 琼脂糖胶体系分选270–650 bp片段，特异性富集 mRNA 文库。

全自动核酸片段筛选方式不仅实现了miRNA、mRNA 两种文库精准分离、独立富集，同时精准剔除引物二聚体、短片段杂峰与超长非特异扩增产物，进一步保证了单细胞双组学文库的均一性与测序有效数据率。

相较于传统磁珠粗分选、人工切胶筛选，Pippin Prep全自动切胶仪具备片段筛选精度高、区间可控、全自动操作简单、大幅降低人工操作偏差、无核酸染料损伤、批次稳定性强等优势，充分适配单细胞微量样本、双文库差异化精细建库的严苛实验需求。
• PSCSR-seq V2实现单细胞miRNA与mRNA高效共测序，简便、兼容性强。
• PSCSR-seq V2综合测序性能优于传统拆分法，达到主流单细胞测序水平。
• PSCSR-seq V2精准解析培养细胞中miRNA-mRNA调控网络，有助于功能机制研究。
• 基于PSCSR-seq V2构建的小鼠肺组织miRNA-mRNA共表达图谱，实现高精度细胞注释与miRNA空间表达解析。
• PSCSR-seq V2揭示了衰老肺组织保守的miRNA调控机制，阐明miR-151/miR-29是肺衰老与免疫衰老核心标志物。

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41598-025-85612-z
厂家介绍
Sage Science 公司位于美国马萨诸塞州，2010年成立，专注于核酸领域的样品制备，2万篇文献中应用，包括众多Nature、 Science、 Cell系列的文章，是DNA片段筛选回收领域的广受认可的成熟设备。

• 全自动回收：采用双通道电泳回收专利技术，回收过程全自动运行；
• 精准回收：精确度高达93-99%，相较手工切胶、磁珠分选，回收精度表现更优
• 微量回收：低起始量，低至ng级，控制时间回收，不直接检测样品
• 高回收率：50-80%的高回收得率
• 省时间：5分钟的手工操作时间，无需额外制胶和切胶
• 全自动完成DNA片段分选, 软件中自由选择需要筛选的片段范围，免去了切胶纯化的繁琐步骤，比核酸片段筛选磁珠更加精准可控；

应用范围：
• 用于DNA常规分子生物学，精准去除PCR引物二聚体、非特异性片段等，去除酶切产物中非目标DNA条带；
• 用于小片段DNA筛选回收（DNA Size Selection），如小RNA/small RNA文库回收、cfDNA／ctDNA循环血游离DNA／循环血肿瘤DNA测序文库、ddRAD-SEQ双酶切简化基因组测序文库、16S文库微生物测序文库回收等、ChIP-seq文库、MeDIP-seq / hMeDIP-seq甲基化DNA免疫沉淀片段测序文库、ATAC-seq转座酶可及染色质高通量测序文库、遗传病 panel 扩增子文库等各种复杂样本的处理，提高测序数据质量；
• 低起始量样品的精准浓缩回收：血浆/血清cfDNA/ctDNA，微量细胞/单细胞，空气/冰川/岩石样本，低丰度病原体等；
• 降解样本的精准浓缩回收：FFPE（石蜡切片）、古DNA、腐烂样本、RNA样本等；
• 背景极高的复杂样品的精准筛选回收：废水、土壤、腐殖质、粪便、肠道内容物、痰液，脓液、临床拭子、血液、脑脊液、共生微生物、食品微生物等。

环亚生物：为科研提供 “全链条” 支持
环亚生物科技（APG BIO）作为美国Sage Science公司DNA片段回收系列产品在中国区的独家代理商，为国内二代测序、三代测序用户提供测序样品前处理、质控的整体解决方案。包括：组织研磨仪、单细胞悬液制备仪、细胞破碎仪、超声聚焦打断仪、全自动DNA片段分选回收仪、核酸片段分析仪、脉冲场电泳仪、全自动建库仪、荧光计、超微量分光光度计等。