来自华盛顿大学的研究团队开发了Fiber-seq 技术,通过非特异性N6- 腺嘌呤甲基转移酶(m6A-MTase)将单个染色质纤维的结构 “标记” 在 DNA 模板上,结合PacBio HiFi测序,实现了 kilobase 级染色质纤维的核苷酸分辨率分析,该项研究成果于2020年发表于Science杂志。
Fiber-seq 设计巧妙,其技术优势体现在:
1)由于腺嘌呤在真核生物中几乎无内源性甲基化,且分布均匀(每2个碱基1个),避免 CpG/GpC 的“聚类”和“沙漠化”问题;
2)实现单分子水平的染色质结构分析,而非群体平均值;
3)结合 PacBio HiFi 测序,实现单个DNA分子多次重复测序,保证碱基识别准确性(包括修饰碱基);
4)提供单倍型的检测结果;
5)一次测序可以获得基因组信息,5mC CpG岛信息和染色质可及性信息,多维度挖掘基因组隐藏的价值;
6)无需 bisulfite 转化,减少DNA 降解,结果重现性好。
Fiber-seq 与DNasel-seq和AdMTase-seq的结果比较,其标记分布与 DNase-seq结果高度一致。
实验证明Fiber-seq可以应用于哺乳动物,昆虫和植物,拥有广泛的物种普遍性。未来随着PacBio HiFi测序读长和通量的提升,Fiber-seq有望成为解析全基因组单倍型调控,同时映射遗传序列和染色质状态的标准实验方法。
PacBio将会参加8月21-25日在四川成都都江堰举办的2025表观遗传与染色质生物学大会。如您对HiFi测序和Fiber-seq感兴趣,欢迎您来PacBio展位(特2展位)交流和咨询。
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PacBio (纳斯达克股票代码:PACB) 是一家领先的生命科学技术公司,致力于设计、开发和制造先进的测序解决方案,帮助科学家和临床研究人员解决复杂的遗传问题。我们的产品和技术源自两项高度差异化的核心技术,专注于准确性、质量和完整性,包括我们的HiFi长读长测序和我们的 SBB® 短读长测序技术。我们的产品为广泛的研究应用提供解决方案,包括人类生殖系测序、植物和动物科学、传染病和微生物学、肿瘤学和其他新兴应用。欲了解更多信息,请访问www.pacbio.cn。
*PacBio 产品仅供研究使用,不用于临床诊断。
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