玉米基因组中超过 80% 由转座元件（TEs）组成，部分 TEs 可调控基因表达（如 tb1 基因的驯化与 TE 插入相关），但短读长测序因 TE 的重复性难以精准解析其调控潜力。

来自华盛顿大学和林斯顿大学的研究人员利用Fiber-seq技术，全面解析了玉米基因组中转座元件（TEs）的调控潜力。研究发现，Fiber-seq 能识别106,867 个可及染色质区域（ACRs），远超 ATAC-seq 的 51,817 个，尤其在重复区域表现更优；年轻 LTR 反转录转座子具有典型 ACR 模式（成对 ACRs），随进化年龄退化为单一 ACR，并形成植物特异性表观特征 ——同时存在高 CpG 甲基化和染色质可及性；TE 的 ACRs 可被协作为基因启动子，且含 ACR 的 TE 能促进宿主基因扩增；此外，hAT TEs 的插入位点被弥漫性染色质可及性和低 5mCpG 甲基化标记，包括 McClintock 最初发现的位点。该研究为理解 TE 在玉米基因调控和进化中的作用提供了新视角。此项研究成果发表在2025年5月的Nature Plants上。

 
Fiber-seq 在此项研究中的技术优势

1）更全面的 ACR 覆盖：

ACR识别数量是 ATAC-seq 的2倍，且覆盖 ATAC-seq 遗漏的低可映射性重复区域（如叶绿体 / 线粒体同源序列区域的假阳性更少）。能捕捉短 ACRs（<200 bp），这些区域在其他组织中可能表现为 ATAC-seq 可检测的差异 ACRs（dACRs），体现 “ACR 预示” 现象。

 
2）单分子精度：

可量化每条染色质纤维的可及性，较单细胞 ATAC-seq 更精准（对于一组约 40,000 个共有的可及染色质区域（ACRs） 中，>50% 染色质纤维被 Fiber-seq 检测，仅有不到 5% 的细胞在这些 ACR 中出现转座酶 Tn5 插入）。

 
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