生信分析Linux常用命令大全：高效操作指南
2025-08-18 来源:本站 点击次数:73引言
对于生信分析，掌握Linux命令是必备技能。本文系统整理六大核心场景的常用命令（文本处理、权限管理、压缩解压、文件查看、集群空间、管道符），附详细示例，助你彻底摆脱"边查边用"的困境！（文末附有100+命令）
一、文本处理
场景：数据清洗、配置修改、文件重命名等
1. grep - 文本搜索
1.1 搜索包含"error"的行（区分大小写）
grep "error" app.log
1.2 忽略大小写 + 显示行号
grep -in "timeout" system.log
1.3 递归搜索目录下所有文件
grep -r "connection refused" /var/log/
2. sed - 流编辑器
2.1 替换文件中所有"old"为"new"
sed 's/old/new/g' config.txt
2.2 删除空白行
sed '/^$/d' data.txt
2.3 仅修改第5行内容
sed '5s/hello/world/' test.txt
3. awk - 文本分析工具
3.1 提取日志中第1列（默认空格分隔）
awk '{print $1}' access.log
3.2 统计Nginx日志状态码出现次数
awk '{print $9}' access.log | sort | uniq -c
3.3 自定义分隔符（CSV文件）
awk -F ',' '{print $2,$3}' data.csv
4.rename – 重命名工具
4.1 将当前目录下所有csv改为为txt
reame ‘csv’ ‘txt’ *
二、目录与权限管理
场景：系统部署、多用户协作
1 权限控制
1.1 赋予用户执行权限
1.1.1 chmod u+x script.sh
1.2 递归修改目录权限
1.1.2 chmod -R 777 /home/
1.3 权限修改速查表
对于生信分析，掌握Linux命令是必备技能。本文系统整理六大核心场景的常用命令（文本处理、权限管理、压缩解压、文件查看、集群空间、管道符），附详细示例，助你彻底摆脱"边查边用"的困境！（文末附有100+命令）
一、文本处理
场景：数据清洗、配置修改、文件重命名等
1. grep - 文本搜索
1.1 搜索包含"error"的行（区分大小写）
grep "error" app.log
1.2 忽略大小写 + 显示行号
grep -in "timeout" system.log
1.3 递归搜索目录下所有文件
grep -r "connection refused" /var/log/
2. sed - 流编辑器
2.1 替换文件中所有"old"为"new"
sed 's/old/new/g' config.txt
2.2 删除空白行
sed '/^$/d' data.txt
2.3 仅修改第5行内容
sed '5s/hello/world/' test.txt
3. awk - 文本分析工具
3.1 提取日志中第1列（默认空格分隔）
awk '{print $1}' access.log
3.2 统计Nginx日志状态码出现次数
awk '{print $9}' access.log | sort | uniq -c
3.3 自定义分隔符（CSV文件）
awk -F ',' '{print $2,$3}' data.csv
4.rename – 重命名工具
4.1 将当前目录下所有csv改为为txt
reame ‘csv’ ‘txt’ *
二、目录与权限管理
场景：系统部署、多用户协作
1 权限控制
1.1 赋予用户执行权限
1.1.1 chmod u+x script.sh
1.2 递归修改目录权限
1.1.2 chmod -R 777 /home/
1.3 权限修改速查表
理解为r=4，w=2，x=1
2. 目录操作
2.1 创建多级目录
mkdir -p src/utils/helpers
2.2 复制保留文件属性（权限/时间戳）
cp -a backup/ /mnt/archive/
2.3 安全删除（确认提示）
rm -i *.tmp
三、压缩与解压技巧
场景：数据备份、文件传输
2.1 创建多级目录
mkdir -p src/utils/helpers
2.2 复制保留文件属性（权限/时间戳）
cp -a backup/ /mnt/archive/
2.3 安全删除（确认提示）
rm -i *.tmp
三、压缩与解压技巧
场景：数据备份、文件传输
关键参数解析：
-z：gzip压缩
-j：bzip2压缩
-v：显示过程
-C：指定解压目录
四、文件查看与编辑
场景：实时监控日志、快速定位配置
1. 查看文件内容
1.1 查看文件尾部（实时追踪日志）
tail -f /var/log/nginx/access.log
-z：gzip压缩
-j：bzip2压缩
-v：显示过程
-C：指定解压目录
四、文件查看与编辑
场景：实时监控日志、快速定位配置
1. 查看文件内容
1.1 查看文件尾部（实时追踪日志）
tail -f /var/log/nginx/access.log
1.2 显示文件前100行
head -n 100 data.csv
head -n 100 data.csv
1.3 查看大文件（支持搜索跳转）
less -SN system.log
2. 查看目录
less -SN system.log
2. 查看目录
2.1 查看目录下文件
ls /home/
ls /home/
2.2 查看目录下文件权限，修改日期等详细信息
ls -lh /home/
五、集群空间管理
场景：分布式存储、磁盘预警
1. 磁盘空间分析
ls -lh /home/
五、集群空间管理
场景：分布式存储、磁盘预警
1. 磁盘空间分析
1.1 查看各分区使用率
df -h
df -h
1.2 统计目录大小
du -sh *
2. 内存与进程监控
du -sh *
2. 内存与进程监控
2.1 实时显示所有用户CPU/内存占用
top
top
2.2 显示当前用户任务以及CPU/内存占用
ps fux
六、管道符应用
场景：复杂数据处理、自动化脚本
1.上一条命令输出作为下一条命令输入
ps fux
六、管道符应用
场景：复杂数据处理、自动化脚本
1.上一条命令输出作为下一条命令输入
1.1 查看各分区使用率并用less显示
df -h | less -SN
七、命令速查表：
1 文件和目录操作命令
df -h | less -SN
七、命令速查表：
1 文件和目录操作命令
2 文件过滤及内容编辑处理命令
3 信息显示与文件搜索
4 文件备份与压缩命令
5 用户管理及用户信息查询命令
6 磁盘与文件系统管理命令
7 进程管理命令
命令作用
命令作用
8 网络管理命令
命令作用
命令作用
9 系统管理工具
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