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灵长类全脑神经记录的新型探针Neuropixels 1.0 NHP的研究开发

2025-08-28     来源:本站     点击次数:76

Neuropixels 1.0 NHP
现有神经记录技术在非人灵长类(如猕猴)中存在显著局限:传统 Neuropixels 探针长度仅 10mm,仅能记录表层脑区且难以穿透硬脑膜;V/S 探针通道数少(≤64),犹他阵列等受限于浅层特定深度;双光子成像时间分辨率低且脑区覆盖有限。这些限制阻碍了对灵长类全脑大范围、单细胞分辨率的神经活动研究,尤其是深层脑区功能连接、跨区域信号传递及单试次神经动态等关键科学问题的探索。

2025年6月23日,哥伦比亚大学医学中心Eric M. Trautmann团队、斯坦福大学Tirin Moore团队以及IMEC公司Barundeb Dutta团队联合在Nature Neuroscience上发表了题名为“Large-scale high-density brain-wide neural recording in nonhuman primates”的研究论文。研究团队开发了一种新型探针Neuropixels 1.0 NHP,以支持灵长类全脑范围内的单神经元和单尖峰分辨率记录,同时解决信号衰减、机械强度和插入稳定性等问题。

研究亮点
1、突破性探针设计

Neuropixels 1.0 NHP探针长度达45毫米覆盖灵长类全脑,支持4,416个可编程位点,首次实现深层结构(如基底节、颞叶皮层)的高密度记录。
2、技术创新
通过“拼接”光刻技术和应力补偿层,解决了长探针制造难题;信号优化设计使45毫米范围内无衰减
3、多领域应用验证
视觉皮层(视网膜拓扑映射)、运动系统(初级运动皮层与基底节同步记录)、颞叶(面孔识别)和顶叶(决策神经机制)四大领域展示其性能,单次记录神经元数达3,000+。
4、开源与可扩展性
配套硬件和软件(如Kilosort、SpikeGLX)开源,支持多探针并行记录,为未来全脑研究铺路。

研究结果

技术
Neuropixels 1.0 NHP探针通过三大技术创新实现灵长类全脑高密度记录:
1、跨掩模拼接制造:突破130纳米CMOS工艺的掩模尺寸限制,将54毫米长探针分割为多模块,通过精密对齐和双重曝光实现六层金属走线的无缝拼接,确保4,416个记录位点的电路连续性。
2、长距离信号保真设计:加宽金属线与电源线(降低阻抗/噪声)、增大线间距(减少串扰)、扩容去耦电容(稳定供电),使45毫米探针全程无信号衰减。
3、机械强化与植入优化:探针柄厚度增至90微米并加入应力补偿层,在长度增加4.5倍下保持抗弯性;25°双斜面尖端设计提升硬脑膜穿透能力,减少组织损伤。

该技术将神经记录能力提升至新维度:单片硅集成基座电子器件,支持384通道/4,416位点的灵活配置;通过开源硬件方案实现稳定植入,为视觉、运动、决策等多脑区研究提供单神经元分辨率工具。这些突破不仅解决了灵长类实验的深度与密度矛盾,更以标准化CMOS工艺为大规模应用铺路。

图1 Neuropixels 1.0 NHP探针特性与工程设计
 
a,探针几何结构与猕猴大脑及Neuropixels 1.0探针的对比。b,记录位点布局。c,覆盖探针全长的4,416个记录位点,分为11.5组384通道。d,探针硅片照片,显示用于拼接工艺的四个子模块。e,探针尖端参考电极布局(上)与CMOS电路布局(下),不同颜色代表不同工艺层。f,拼接区域金属层的电镜图像(比例尺1微米),插图为纳米级线宽测量。g,机械研磨25°斜面的探针尖端电镜图。h,猕猴运动皮层384通道原始电信号记录,插图为单神经元放电波形。i,分离的单神经元波形(灰)与中位数波形(彩)。j,对应神经元的自相关与互相关图。

科学应用
Neuropixels 1.0 NHP探针的可编程位点相比现有灵长类记录技术具有多重优势。
1、其高通道数为大型动物研究带来革命性能力:大规模记录支持快速脑区普查、单试次神经状态推断、统计学显著相关神经元集群的识别,同时减少实验所需动物数量和时间。
2、记录位点的高密度特性实现了高质量的自动化尖峰排序,并能通过位点连续分布追踪探针与组织间的漂移运动,这对真实数据的自动处理至关重要。
3、用户可选择在两段存储区各取单列实现7.68毫米全长的高质量单单元记录,或自定义布局。可编程位点选择使实验者能独立优化记录位置与探针定位:既可沿探针全长测绘电生理特征的相对位置,又能在实验前固定探针提升记录稳定性。
后续通过猕猴脑研究的四个范例展示这些优势:(1)纹外视觉皮层的视网膜拓扑组织;(2)运动系统的神经动力学;(3)颞下皮层"面孔斑块"的面孔识别;(4)后顶叶皮层决策相关的神经信号。


灵长类视觉皮层的高密度全范围记录
猕猴新皮层中超过一半区域具有视觉功能,大量具有特征选择性(如运动、颜色)的视觉区域分布在初级视觉皮层(V1)之外。然而,这些视觉区域大多位于枕叶、颞叶和顶叶的脑沟深处。受限于现有记录技术,既往研究仅聚焦少数视觉区(如V4、MT区),而多数区域(如DP、V3A、FST、PO等)研究匮乏。鉴于猕猴与人类视觉系统的高度相似性,开展全视觉皮层的系统性研究至关重要——这需要能同步记录浅层与深层神经群体活动的技术。Neuropixels 1.0 NHP探针的初步测试正满足这一需求。

单次实验中,一根探针即可记录跨多个视觉皮层的数千个神经元活动。图2b-c展示距皮层表面6-10毫米处446个神经元的放电波形和栅格图,其中202个具有明确感受野(RFs)。RFs沿探针呈规律变化:每约1毫米有序偏移后出现突变,反映不同视网膜拓扑区域的转换(图2d)。全深度范围内,RFs覆盖对侧视野大部并延伸至同侧(图2e)。同一位置重复穿刺23次,神经元捕获量保持稳定(图2f)。


图2:跨视觉皮层多区域单/多组记录

a,猕猴新皮层视觉区矢状面分布,插图为多组记录探针轨迹。b,单组384位点记录的神经元波形空间分布。c,刺激对齐的群体放电栅格图。d,202个视觉响应神经元的感受野深度分布,箭头标示视觉区间边界。e,感受野在对侧视野的覆盖范围。f,同一位置23次穿刺记录的神经元数量。g,5组记录位点(约19毫米)的3,029个神经元波形分布。h,2,729个视觉响应神经元的刺激反应热图,灰色标注LVM/HM/UVM对应深度。i,1,500个表层神经元的感受野热图阵列(26×32度视野)。

另一些实验中,团队通过五段存储区(0-19毫米)实现不移动探针的多位点采样。单次记录3,029个神经元(2,729个具视觉响应,图2h)。RFs变化模式显示:浅层(0-3毫米)神经元偏好视野外周,3毫米处突变为中心近下垂直子午线(LVM)区域,伴随运动方向选择性增强(提示V4向MT/MST区过渡);6-7毫米处RFs集中于水平子午线(HM)附近,8毫米处转向上垂直子午线(UVM);深层(>10毫米)RFs变大且边界模糊(图2i)。这些表征在实验中保持稳定,证明该技术可实现跨视觉区神经元响应特性的无偏测绘。


运动行为中的稳定大规模记录
接下来,验证了该技术在运动控制系统多脑区研究中的实用性。初级运动皮层(M1)位于中央沟前岸并沿中央前回延伸,其沟内区域(sulcal M1)包含灵长类最主要的皮质运动神经元和皮质脊髓束下行投射。现有技术存在两大局限:其一,研究者不得不在使用犹他阵列记录脑回运动皮层(PMd和M1前部)群体神经元,与采用单电极/16-32通道被动阵列记录沟内M1少量神经元之间取舍;其二,运动皮层仅是运动控制网络的一部分,辅助运动区(SMA)和基底节(BG)等关键结构的群体神经元记录仍面临挑战。

技术人员开发了多探针同步记录系统。在猕猴执行等长力追踪任务时(图3a),同时记录M1和PMd(图3b)。单个神经元表现出丰富的时间模式(图3d-f),经Rastermap排序后显示与行为的多相位关联(图3f)。线性回归分析表明,随着纳入神经元数量增加(最多360个),末端力预测精度持续提升且未饱和(图3g),证实即便简单任务也需要数百神经元采样才能完整解析群体活动。


图3:猕猴运动系统记录

a,"吃豆人"等长力追踪任务。b,运动皮层记录靶区(左)与沟内M1矢状面示意图(右)。c,任务期间平均臂力。d-e,示例神经元的试次平均放电与单试次栅格图。f,Rastermap排序的360个神经元归一化反应。g,神经元数量与力预测精度的关系。h,四个神经元在十个通道的波形稳定性。i,Kilosort 2.5估计的运动任务期间探针漂移。
针对运动实验中探针漂移问题,多数情况下仅观察到2-15微米/小时的慢漂移(图3i),波形保持稳定(图3h)。在实际操作中,通过优化实验方案,可在不同脑区获得低漂移的稳定记录(图4a-d)。


图4:四个脑区的漂移图谱

a,运动皮层记录的位置-时间漂移图(上)与Kilosort漂移估计(下)。b-d,视觉皮层、AF区与LIP区的同类数据。
通过可编程位点选择,单根探针即可同步记录表层运动皮层和基底节内侧苍白球(GPi)(各192通道,图5a-b)。此外,利用探针小型化优势,通过非平行轨迹植入多探针,可在单一脑区(如PMd)获得673个神经元记录(图5c-d),或同步记录M1、GPi和SMA等多脑区(图5e-f)。


图5:多脑区同步靶向记录

a,单探针同步记录运动皮层与基底节(GPi),各分配192通道。b,对应原始波形。c-d,多探针汇聚轨迹记录PMd区673个神经元。e-f,三探针平行轨迹记录SMA、M1与GPi区。

颞下皮层的面孔识别研究
颞下皮层作为支持高级物体识别的关键脑区,其深处位置使研究面临巨大挑战。该区域包含多个功能特异的离散网络,其中最著名的是"面孔斑块系统"——每个半球包含6个解剖与功能相连的斑块区,这些区域对面孔刺激的反应显著强于其他物体。已有研究揭示了从后向前斑块的视角不变性增强等特性,以及简单的线性编码机制,使其成为研究高级物体识别的理想模型。尽管已能通过数百个神经元的活性重建呈现的面孔图像,但不同面孔斑块如何协同形成物体感知仍是未解之谜。


本研究首次使用Neuropixels 1.0 NHP探针同步记录两个面孔斑块(中外侧区ML和前底区AF)。单次实验即获得1,127个单元(622个单单元,505个多单元)的数据(图6a右),其中ML区2.2毫米连续区段(约220通道)和AF区1.9毫米区段(约190通道)显示出显著面孔选择性(t检验,P<0.05)。当刺激切换为猴脸时,两个斑块的神经元群体均产生明确响应(图6b-c)。值得注意的是,传统钨丝电极需2年才能采集的数据量,现在仅需2小时即可完成。该技术不仅提升效率,更支持研究模糊刺激下(同一图像在不同试次引发不同感知)的群体编码动态。

图6:IT皮层双面孔斑块深部同步记录

a,ML与AF面孔斑块的MRI定位(黄为fMRI面孔选择响应)。b,猴脸刺激的同步放电栅格图。c,96种刺激的响应热图显示面孔选择性细胞聚集。d,最深AM斑块(距颅骨42毫米)的MRI定位。e,AM区面孔细胞响应特征。
最深处的面孔斑块AM区距颅骨开口约42毫米(图6d),远超常规高密度探针的触及范围。但Neuropixels 1.0 NHP仍成功记录到该区域的面孔选择性响应(图6e),证明其解决深层脑区研究难题的独特价值。

LIP区决策过程的单试次神经关联
认知功能研究的关键在于解析行为变异背后的神经机制,这需要单试次分辨率的神经记录技术。知觉决策研究典型体现了这一挑战——决策被认为是通过噪声证据累积至阈值的过程(漂移扩散模型),每个试次具有独特性(图7a)。虽然LIP(外侧顶内沟区)神经元的平均活动符合该模型,但由于其感受野(RFs)缺乏解剖学组织规律(图7c上),传统技术难以同步记录足够多具有相同RF的神经元。


图7:多脑区决策单试次动态

a,随机点运动判别任务。b,LIP与上丘(SC)同步记录方案。c,LIP(无拓扑)与SC(有拓扑)中重叠左靶区的神经元。d-e,LIP群体活动呈现证据累积(漂移扩散),SC则显示阈值触发的爆发式放电。

Neuropixels技术突破这一限制:单次记录可获得50-250个LIP神经元,其中10-35个具有与决策靶点重叠的RF。这些"靶区内神经元"(Tin)的活动精确追踪了证据累积过程(图7d-e上),解释了选择与反应时的变异。更突破性的是,该技术首次实现LIP与上丘(SC)中具有相同RF的神经元群体同步记录(图7b)。实验显示,虽然SC接收LIP输入,但其群体活动呈现与LIP不同的爆发式动态(图7d-e下),可能执行阈值计算功能。这些差异仅能通过高产量记录的单试次分析揭示

高密度探针测量神经元间放电相关性
理解神经环路如何实现计算功能是系统神经科学的核心目标,而通过分析神经元对的尖峰时间相关性(CCG)来推断突触连接或共同输入是重要研究手段。传统方法因记录神经元数量有限,难以获得统计显著的CCG峰值。Neuropixels 1.0 NHP探针在皮层记录中单次可获得200-450个神经元,使这一问题迎刃而解。


在猕猴PMd和M1区的13次实验中,平均每次发现111±89对潜在连接神经元(连接概率0.73%)。CCG分析显示(图8a):具有1-2毫秒延迟的峰值为突触连接特征,而同步峰值则暗示共同输入。空间上,邻近神经元更易出现显著CCG峰值。视觉皮层数据显示(图8c-d):功能连接的神经元对具有更高的信号相关性(rsig),其中同步对rsig均值达0.60(P<10-4),显著高于异步对(0.43)和无关联对。

该技术还能解析跨脑区信号传递。在IT皮层ML和AF面孔斑块间,面孔选择性神经元对的CCG显著峰值概率(2.3%)是其他神经元对(0.15%)的10倍以上(图8i)。通过触发分析(图8e-h),可清晰区分前馈(ML→AF)与反馈(AF→ML)信号传递的时序特征。

研究结论
这项研究开发的Neuropixels 1.0 NHP探针实现了三大突破性进展:1)通过创新的45毫米长探针设计,首次在非人灵长类中实现全脑范围单神经元精度的神经信号记;2)在视觉、运动、面孔识别和决策等多个认知系统研究中取得重要发现,揭示了跨脑区神经编码的新机制;3)单次实验即可记录上千个神经元活动,将研究效率提升两个数量级。这项技术的突破不仅填补了灵长类神经科学研究的关键技术空白,更推动了从单细胞到全脑水平的神经科学研究范式转变,为理解人类高级认知功能和神经系统疾病的机制研究开辟了新途径。

参考文献:

Trautmann EM, Hesse JK, Stine GM, et al. Large-scale high-density brain-wide neural recording in nonhuman primates. Nat Neurosci. 2025 Jul;28(7):1562-1575. doi: 10.1038/s41593-025-01976-5. 

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