为帮忙大家更快了解最新科研进展，掌握科研热点，扩展科研思路，伯豪生物特此推出最新顶刊文献速递系列推文。本期是2025年12月最新顶刊发表的单细胞转录组相关文献集萃！

1 顶刊文献一：Cell丨体外模拟人类胚胎着床

文章标题：Modeling human embryo implantation in vitro
期刊：Cell（IF：42.5）
文章摘要：人类胚胎成功植入子宫内膜是妊娠建立的关键步骤，然而这一过程具有高失败率。以往的研究多依赖于动物模型或二维细胞培养，但这些系统难以真实模拟人体内复杂的细胞互作与三维结构。该研究构建了一种名为“细胞工程化容受性子宫内膜支架技术”（CREST）的三维体外模型。人类胚胎和囊胚植入子宫内膜模型，实现植入后的特征，包括胎盘发育早期事件基础的高级滋养细胞结构。第14天胚胎-子宫内膜界面的单细胞RNA测序揭示了胚胎和子宫内膜之间预测的分子相互作用。破坏细胞外滋养层细胞和子宫内膜间质细胞之间的信号相互作用，在滋养层细胞生长过程中形成缺陷，证明了串扰过程对维持胚胎发生的重要性。这个平台为研究人类胚胎植入的早期阶段提供了机会。

2 顶刊文献二：Cell丨肝脏对慢性代谢应激的适应导致肿瘤的发生 

文章标题：Hepatic adaptation to chronic metabolic stress primes tumorigenesis
期刊：Cell（IF：42.5）
文章摘要：肝细胞具有代谢、合成和解毒作用，但慢性营养失衡可诱导肝细胞死亡并诱发代谢功能障碍相关的脂肪性肝炎（MASH）。尽管先前的研究发现了应激诱导的肝细胞死亡驱动因素，但慢性应激对存活细胞的功能影响仍不清楚。该研究通过跨物种纵向单细胞多组学，发现持续的应激驱动非转化肝细胞的预后发育和癌症相关程序，同时降低其成熟的功能特征。该研究确定并实验验证干扰肝细胞功能平衡的主要调节因子，在应激下增加增殖，并直接引发未来的肿瘤发生。通过对人体组织微阵列空间转录组学的地理回归，该研究揭示了空间结构的多细胞群落和形成应激反应的信号相互作用。

3 顶刊文献三：Cancer Cell丨肿瘤起始干细胞通过微调中性粒细胞可塑性来构建保护性微环境
文章标题：Tumor-initiating stem cells fine-tune the plasticity of neutrophils to sculpt a protective niche
期刊：Cancer Cell（IF：44.5）
文章摘要：近年研究发现，肿瘤起始干细胞（tSCs）作为肿瘤的“种子细胞”，不仅驱动肿瘤发生发展，还能抵抗传统疗法。聚焦于肿瘤微环境（TME）中功能高度异质性的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）。传统观点认为TANs主要发挥免疫抑制作用，但近年研究发现其具备可塑性，在特定条件下可转化为抗肿瘤效应细胞。本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）解析TANs异质性；利用空间转录组学（NanoString GeoMx）定位细胞互作空间分布；采用条件性基因敲除小鼠模型（如Sox2 cKO、Ifnar1/lfngr1 dKO）验证分子功能；通过体外共培养、代谢物干预及流式细胞术分析细胞互作机制；结合患者样本（头颈鳞癌、皮肤鳞癌）进行临床相关性验证。研究揭示tSCs通过代谢重编程调控中性粒细胞功能状态的崭新机制，为理解免疫治疗耐药提供了全新视角。

4 顶刊文献四：Cancer Cell丨人类胶质瘤疾病进程的多组学全景解析

文章标题：Multi-omic landscape of human gliomas from diagnosis to treatment and recurrence
期刊：Cancer Cell（IF：44.5）
文章摘要：为揭示治疗逃逸和肿瘤微环境（TME）景观的特征，该研究对 310 名成人和儿童患者的 670 个病灶构建了大型临床注释胶质瘤队列，整合空间蛋白组、转录组及糖组技术。通过单细胞空间成像解析肿瘤抗原和免疫受体表达，并结合空间转录组及N-糖组图谱，实现了分子特征、细胞组成与临床信息的系统关联。研究通过多组学分析揭示治疗逃逸特征及肿瘤微环境动态变化，发现靶抗原异质性、复发相关免疫重塑及N-糖基化与肿瘤分级、免疫转录组与患者生存密切相关，为胶质瘤分型、预后评估及靶向治疗提供了重要资源和分析框架。

5 顶刊文献五：Mol Cancer丨微卫星稳定型结直肠癌的免疫相关去泛素化谱揭示 USP7为潜在免疫治疗靶点

文章标题：Immune-related deubiquitylation spectrum of microsatellite stability colorectal cancer reveals USP7 as a potential immunotherapeutic target
期刊：Molecular Cancer（IF：33.9）
文章摘要：免疫检查点抑制剂 (ICIs) 在微卫星稳定性大肠癌 (MSS CRC) 中的功效仍然有限，突出了对预测性生物标志物的迫切需求。该研究通过多组学分析（转录组、蛋白质组和免疫组化分析），确定了两种新的MSS CRC亚型（DUB-H和DUB-L）。与DUB-H相比，DUB-L亚型表现出炎症肿瘤免疫微环境，对免疫治疗有更好的反应，且无复发生存期（RFS）更长。USP7基因在 MSS CRC 中高表达，而在微卫星不稳定型（MSI-H）肿瘤中不高表达，且与受抑制的免疫浸润密切相关。大规模临床分析证实，USP7 高表达与微卫星稳定状态、特定的共识分子亚型（CMS）以及不良预后相关。单细胞分析和多重免疫荧光验证了USP7高表达的MSS肿瘤存在免疫荒漠表型。体内实验表明，USP7 阻断通过重塑肿瘤免疫微环境、增加CD8+ T和NK细胞的浸润和功能来增强MSS CRC模型中抗PD-1治疗的疗效。一致的是，低USP7表达与对抗PD-1治疗的更好反应相关。总之，该研究提出了一种新的基于DUB的MSS CRC分类系统，并证明靶向USP7可能通过将免疫 “冷” 肿瘤转化为 “热” 肿瘤来克服免疫治疗耐药性。

6 顶刊文献六：Nat Immunol丨单细胞多组学景观揭示成人和儿童败血症的解剖学特异性免疫特征
文章标题：Single-cell multi-omic landscape reveals anatomical-specific immune features in adult and pediatric sepsis
期刊：Nature Immunology（IF：27.6）
文章摘要：该研究通过单细胞多组学技术，包括scRNA-seq、scTCR/BCR测序、CITE-seq和血浆蛋白质组学，分析了281名成人和儿童脓毒症患者及对照组的外周血单核细胞与血浆样本进行分析。研究揭示了不同解剖部位（如肺部、腹部、泌尿系统等）和年龄特异性的免疫特征，鉴定出44个免疫细胞亚群，并发现成人脓毒症中CD8⁺ T细胞和NK细胞减少，儿童肺部脓毒症中CD4⁺ T细胞比例降低。这些发现为精准免疫治疗提供了新的靶点，并通过外部数据集、流式细胞术、RT-PCR、ELISA及小鼠模型验证了关键结果。

7 顶刊文献七：Nat Immunol丨三特异性抗体重塑肿瘤免疫微环境

文章标题：DC subsets and states unraveled across human juxtatumoral and malignant tissues
期刊：Nature Immunology（IF：27.6）
文章摘要：树突状细胞作为专业的抗原呈递细胞，在连接天然免疫与适应性免疫中扮演着核心角色。该研究通过整合来自13种肿瘤组织、共计40个数据集的单细胞RNA测序数据，构建了两个综合性资源：涵盖浆细胞样DC与髓系DC的DC-VERSE，以及专注于髓系DC的mDC-VERSE。这些图谱为系统性解析人类DC在生理和病理状态下的异质性提供了无偏倚的框架。基于此，研究团队深入刻画了跨越不同组织的DC亚群和“状态”，并特别聚焦于肿瘤微环境中的DC特性。这项研究不仅系统性地定义了肿瘤微环境中树突状细胞的亚群和状态，更发现了一个关键且与不良预后相关的特殊细胞状态——CD207+ DC。

8 顶刊文献八：Nat Biomed Eng丨三特异性抗体重塑肿瘤免疫微环境

文章标题：A trispecific antibody engaging T cells with tumour and myeloid cells augments antitumour immunity
期刊：Nature Biomedical Engineering（IF：26.7）
文章摘要：免疫学上无反应的肿瘤通常对免疫检查点抑制剂产生抵抗，这是由于肿瘤特异性T细胞数量稀少以及免疫抑制性微环境的存在。该研究分析了来自17种肿瘤类型的300例患者的单细胞RNA测序数据，发现包括卵巢癌和结直肠癌在内的多种恶性肿瘤中存在大量但功能受限的旁观者T细胞。为增强此类情况下的抗肿瘤免疫，作者设计了B7H3xCD3xPDL1——一种基于免疫球蛋白的三特异性T细胞衔接器，靶向B7H3、CD3和PDL1，以重定向T细胞同时缓解免疫抑制。研究证实该抗体能激活旁观者 T 细胞，重编程巨噬细胞，通过 IFNγ-IL-15 正反馈环路增强抗肿瘤免疫，在多种实体瘤模型中显示强效抗肿瘤活性，为免疫无反应性实体瘤提供了新的治疗策略。

9 顶刊文献九：Kupffer细胞自噬可能是原发性胆汁性胆管炎（PBC）治疗新靶点

文章标题：Autophagy of Kupffer cells modulates CD8+ T cell activation in primary biliary cholangitis
期刊：Gut（IF：26.2）
文章摘要：原发性胆汁性胆管炎（PBC）是一种慢性自身免疫性肝脏疾病，免疫失衡是PBC发病的关键环节，包括自身反应性T细胞引发的反复组织炎症和损伤。该研究利用PBC患者及模型鼠的单细胞转录组测序、组化、流式检测数据，深入阐述了肝脏中Kupffer细胞及单核细胞源性巨噬细胞（MoMs）的转录水平、蛋白水平、空间定位的变化。利用巨噬细胞清除结合CCR2缺陷小鼠，发现Kupffer细胞可能在调控致病性CD8+T细胞活化中发挥关键作用。进一步结合scRNA-seq及bulk RNA-seq，发现自噬相关通路在Kupffer细胞上调，并利用PBC小鼠模型和患者肝脏穿刺标本验证了这一发现。