文献解读：利用WGBS验证开发新型DNA甲基化编辑多功能分子工具箱
2026-03-12 来源:本站 点击次数:47
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近日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心何力副研究员和姚瑶博士为共同第一作者，南方科技大学朱健康院士（现澳门科技大学校长）和郎曌博教授为共同通讯作者，在《Nature Communications》期刊发表题为“Versatile molecular tools enabling customizable DNA methylation editing in Arabidopsis”的科研成果，开发了一套基于CRISPR/dCas9系统的定制化植物DNA甲基化精准编辑工具箱。
该研究通过将催化失活的Cas9（dCas9）与多种DNA甲基化/去甲基化效应蛋白（effectors）及表观遗传辅助因子（cofactors）融合，系统构建了5种靶向甲基化工具和6种靶向去甲基化工具。此外，研究团队以拟南芥为模式生物，利用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）、染色质可及性测序（ATAC-seq）等技术，系统评估了这些工具在FWA基因启动子、FT基因远端增强子及SDC基因启动子等位点的编辑效率、特异性及遗传稳定性等方面。总之，该工具箱实现了从位点特异性编辑到全基因组水平调控的多样化应用，且编辑后的甲基化修饰可在无转基因状态下稳定遗传，为植物表观遗传育种和功能研究提供了关键技术支撑。
英文标题：Versatile molecular tools enabling customizable DNA methylation editing in Arabidopsis
中文标题：多功能分子工具实现拟南芥DNA甲基化的精准定制编辑
发表时间：2025年12月6日
发表期刊：Nature Communications
影响因子：IF15.7/Q1
技术平台：WGBS、ATAC-seq
作者单位：中国科学院分子植物科学卓越创新中心、南方科技大学
DOI:10.1038/s41467-025-66933-z
易小结
本研究在植物表观遗传工程领域实现了重大突破，系统性构建并验证一套多功能、可遗传的DNA甲基化编辑工具，将表观基因组编辑从“概念验证”推向“工具箱化”应用阶段。
本研究充分展示了WGBS作为DNA甲基化检测金标准在表观编辑效果评估中的核心地位。WGBS不仅能够以单碱基分辨率精确量化目标区域的甲基化水平，更能全面捕捉全基因组范围内的甲基化变化趋势，为编辑工具的特异性评价提供了不可替代的数据支撑。
研究方法
（1）融合蛋白构建
（1）基于Cas9的单融合蛋白用于DNA甲基化编辑
本研究设计了CRISPR-based融合蛋白系统，将效应蛋白（甲基转移酶或去甲基化酶）置于dCas9的N端，以优化其接触胞嘧啶进行编辑；将辅助因子（参与表观调控的蛋白）置于dCas9的C端，以增强效应蛋白的活性（图1a）。具体而言，甲基化效应蛋白包括哺乳动物的DNMT3A-3L、拟南芥的DRM2、烟草的NtDRMcd和细菌变体MQ1v；去甲基化效应蛋白包括拟南芥的ROS1及其催化域（ROS1cd）和人类的TET1催化域（TET1cd）。辅助因子则包括转录抑制子（人源KRAB、拟南芥SRDX）、组蛋白H3K9甲基转移酶KYP、组蛋白乙酰转移酶p300及H3K9me2去甲基化酶IBM1/IBM1cd。通过效应蛋白、辅助因子和启动子的组合，构建了38种甲基化编辑工具（M1-M38）和30种去甲基化编辑工具（D1-D30）。
（2）在FWA启动子区域的靶向DNA甲基化
研究以FWA启动子为首个测试靶点，该位点在野生型中通过DNA甲基化维持沉默，去甲基化导致晚花表型。研究团队测试了38种甲基化工具。通过观察T1代植株是否恢复早花表型（图1c、e）来初筛编辑工具。结果显示，由pRPS5A启动子驱动的工具（M6、M12、M14、M16、M22、M30）可诱导早花表型，而UBQ1启动子驱动工具无效，表明RPS5A启动子具有更优的编辑效能。其中，MQ1v-dCas9 (M14) 和 MQ1v-dCas9-KRAB (M22) 诱导早花效率最高。RT-qPCR证实早花植株中FWA表达被抑制（图1d）。
关键的WGBS分析（图1f）直接证实，早花植株的FWA启动子区域被de novo甲基化，且不同工具诱导的甲基化类型（CG或非CG）不同。如M14特异性诱导CG甲基化，而M22和M30可诱导CG和非CG甲基化，且M30的非CG甲基化水平高于M22，表明SRDX辅助因子可拓展MQ1v的非CG甲基化功能。
（3）FWA启动子甲基化工具的特异性表征
通过WGBS全基因组甲基化分析评估工具特异性，M6和M12编辑植株在FWA启动子及周围区域及全基因组范围的甲基化水平与fwa对照无显著差异（图1f），表明其具有高度特异性。而M14在CG位点出现显著甲基化，M22程度较轻，M30最低（图1f）。全基因组CG甲基化水平分析（图1g）显示M14和M22显著高于fwa，而M30与fwa类似。值得注意的是，M14、M22、M30含同一效应蛋白MQ1v，仅辅助因子不同，表明SRDX可显著提高特异性。此外，工具的特异性与其在靶点的编辑效率大致呈负相关。
（4）靶向FWA启动子DNA甲基化的可遗传性
为评估编辑的稳定性，研究人员分析了编辑工具的T1代植株后代（T2代）。分析结果显示，在转基因分离后（T2代不含转基因的植株），早花表型、FWA表达抑制以及FWA启动子的高甲基化状态依然稳定存在（图2a-c），表明这些工具诱导的甲基化修饰是可遗传的表观记忆，不依赖于转基因的持续存在。
（5）FT基因远端增强子的靶向DNA甲基化
为验证工具普适性，研究靶向FT基因增强子Block C，该位点甲基化导致野生型晚花（图3a）。所有FWA有效工具（M6, M12, M14, M22, M30）均能在FT增强子诱导晚花表型（图3b-c），但各工具效率排名有所变化，M6在FT位点效率最高，提示靶位点染色质环境影响工具效能。WGBS分析再次确认了工具的特异性差异（图3d）：M12特异性甲基化靶位点且不改变全基因组甲基化；M14在靶位点及周围CG位点广泛甲基化，M22和M30程度较轻；仅M14显著提高全基因组CG甲基化，但效应弱于FWA背景。有趣的是，M6在此并未检测到明显的DNA甲基化，推测其表型可能是通过辅助因子KYP诱导的H3K9me2间接导致。此外，编辑的遗传性也在T2代中得到验证（图3d-e）。
（6）FWA启动子区域的靶向DNA去甲基化
研究同时构建了30种去甲基化工具。在野生型（其FWA启动子甲基化导致基因沉默）中靶向该区域，成功去甲基化将激活FWA表达并导致晚花表型（图4a）。筛选发现，由pRPS5A驱动的工具效果更好，其中ROS1-dCas9 (D10)、TET1cd-dCas9 (D12)、TET1cd-dCas9-p300 (D18)、TET1cd-dCas9-IBM1cd (D24) 和 TET1cd-dCas9-IBM1 (D30) 能诱导不同程度的晚花（图4b、d）。RT-qPCR显示FWA激活与甲基化降低负相关（图4c），WGBS分析直接证实这些植株的FWA启动子发生了去甲基化，且TET1cd-based工具（D12、D24, D30）的去甲基化效能优于ROS1工具（D10）（图4e）。
（7）FWA启动子去甲基化工具的特异性表征
研究团队通过WGBS全基因组甲基化分析揭示了去甲基化工具的特异性谱系（图4f）。ROS1-dCas9(D10)和TET1cd-dCas9-p300(D18)特异性最高，全基因组甲基化水平与野生型相似。TET1cd-dCas9 (D12)和TET1cd-dCas9-IBM1cd(D24)有轻微的全局去甲基化效应。而TET1cd-dCas9-IBM1(D30)显著降低全基因组CG甲基化，特异性最低但效率最高。表明辅助因子p300有助于提高特异性，而IBM1则增强效率的辅助因子效应。
（8）FWA启动子的靶向DNA去甲基化可遗传性
与甲基化工具类似，去甲基化工具诱导的修饰也能稳定遗传。在T2代植株（无论是否含转基因）中，仍能观察到晚花表型（图5a）、FWA表达激活（图5b）以及FWA启动子的低甲基化状态（图5c）。例如，D10工具在T1代仅部分去甲基化，但在部分T2代中实现了完全去甲基化，表明ROS1可能需要多代传递才能达到完全效果。WGBS跨代数据确立了去甲基化修饰的稳定遗传功能。
（9）SDC启动子区域的靶向去甲基化
研究团队分析了另一个受RdDM通路调控甲基化的靶标SDC启动子，该位点甲基化沉默SDC，去甲基化激活导致叶片卷曲（图6a）。分析结果发现，野生型中所有去甲基化工具在T1代均未能诱导出预期的卷叶表型（图6d），ChIP-seq数据显示SDC启动子富集于RdDM通路核心组分Pol IV，推测RdDM通路拮抗去甲基化。于是研究团队将工具转入RdDM缺失介导的nrpe1突变体中，成功在T1代观察到卷叶表型（图6b、d），其中TET1cd-dCas9-IBM1 (D30) 和 TET1cd-dCas9 (D12) 效率最高。RT-qPCR和WGBS（图6c、e）证实卷曲叶植株SDC表达激活且启动子去甲基化。此外在野生型背景下，部分高效工具在T2代也诱导出卷叶表型。WGBS证实其SDC启动子去甲基化和基因激活，表明IBM1辅助因子可提升ROS1工具效能。
SDC位点及全基因组甲基化（图6e-f）WGBS分析进一步验证了工具的特异性特征：TET1cd-dCas9-p300 (D18) 特异性高；TET1cd-dCas9 (D12) 和 TET1cd-dCas9-IBM1cd (D24) 特异性较低；TET1cd-dCas9-IBM1 (D30) 在部分植株中能导致强烈的全基因组去甲基化；而ROS1-dCas9-IBM1 (D28) 则表现出诱导全基因组CHG去甲基化的倾向。WGBS全面描绘了不同工具在RdDM缺失和野生型背景下的特异性差异。
（11）SDC启动子的靶向DNA甲基化可遗传
最后，研究团队分析了nrpe1背景T1编辑植株的后代。分析结果显示，在nrpe1背景下，去甲基化工具诱导的卷叶表型、SDC表达激活以及启动子低甲基化状态，在T2代（无论是否含转基因）中均能稳定遗传（图7a-c）。即使在野生型背景下，T30诱导的全基因组CG低甲基化和D28诱导的全基因组CHG低甲基化，在无转基因的T2代中也得以保留，再次证明这些表观编辑的遗传稳定性。
结论和启示
本研究成功开发了一套多功能、可定制化的植物DNA甲基化编辑工具箱，包含5种甲基化工具（M6、M12、M14、M22、M30）和6种去甲基化工具（D10、D12、D18、D24、D28、D30），实现了从位点特异性到全基因组水平、从瞬时表达到跨代遗传的多样化应用。
核心亮点包括：
参考文献：He L, Yao Y, You Y, Wei X, Ma Y, Yuan W, Lang Z, Zhu JK. Versatile molecular tools enabling customizable DNA methylation editing in Arabidopsis. Nat Commun. 2025 Dec 6. doi: 10.1038/s41467-025-66933-z.
近日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心何力副研究员和姚瑶博士为共同第一作者，南方科技大学朱健康院士（现澳门科技大学校长）和郎曌博教授为共同通讯作者，在《Nature Communications》期刊发表题为“Versatile molecular tools enabling customizable DNA methylation editing in Arabidopsis”的科研成果，开发了一套基于CRISPR/dCas9系统的定制化植物DNA甲基化精准编辑工具箱。
该研究通过将催化失活的Cas9（dCas9）与多种DNA甲基化/去甲基化效应蛋白（effectors）及表观遗传辅助因子（cofactors）融合，系统构建了5种靶向甲基化工具和6种靶向去甲基化工具。此外，研究团队以拟南芥为模式生物，利用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）、染色质可及性测序（ATAC-seq）等技术，系统评估了这些工具在FWA基因启动子、FT基因远端增强子及SDC基因启动子等位点的编辑效率、特异性及遗传稳定性等方面。总之，该工具箱实现了从位点特异性编辑到全基因组水平调控的多样化应用，且编辑后的甲基化修饰可在无转基因状态下稳定遗传，为植物表观遗传育种和功能研究提供了关键技术支撑。
英文标题：Versatile molecular tools enabling customizable DNA methylation editing in Arabidopsis
中文标题：多功能分子工具实现拟南芥DNA甲基化的精准定制编辑
发表时间：2025年12月6日
发表期刊：Nature Communications
影响因子：IF15.7/Q1
技术平台：WGBS、ATAC-seq
作者单位：中国科学院分子植物科学卓越创新中心、南方科技大学
DOI:10.1038/s41467-025-66933-z
易小结
本研究在植物表观遗传工程领域实现了重大突破，系统性构建并验证一套多功能、可遗传的DNA甲基化编辑工具，将表观基因组编辑从“概念验证”推向“工具箱化”应用阶段。
本研究充分展示了WGBS作为DNA甲基化检测金标准在表观编辑效果评估中的核心地位。WGBS不仅能够以单碱基分辨率精确量化目标区域的甲基化水平，更能全面捕捉全基因组范围内的甲基化变化趋势，为编辑工具的特异性评价提供了不可替代的数据支撑。
研究方法
（1）融合蛋白构建
- 采用模块化策略，将不同来源的效应蛋白（甲基化酶DNMT3A-3L、DRM2、NtDRMcd、MQ1v；去甲基化酶ROS1、ROS1cd、TET1cd）与辅助因子（增强甲基化的KRAB、SRDX、KYP；增强去甲基化的p300、IBM1、IBM1cd）通过柔性连接肽（XTEN）分别融合到dCas9的N端和C端。使用pUBQ1或pRPS5A启动子驱动表达，构建于pCAMBIA1300载体中。
- 所有实验使用哥伦比亚生态型（Col-0）拟南芥。采用农杆菌介导的花序浸染法转化pCAMBIA1300二元载体，通过50mg/L潮霉素筛选转基因植株，将构建好的工具载体分别转入不同的遗传背景（如fwa表观等位基因系、野生型、nrpe1突变体等）中。
- 以开花时间（通过莲座叶数量量化）和叶片卷曲作为DNA甲基化状态改变的直观报告表型，分别对应FWA、FT和SDC位点的编辑效果。
- RT-qPCR：检测靶基因（FWA, SDC）的表达水平变化。
- Western Blot：检测dCas9融合蛋白的表达水平，分析工具效率与蛋白丰度的关系。
- 全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）
- 靶位点验证：精确评估FWA启动子、FT增强子Block C、SDC启动子等靶区域甲基化水平变化。
- 特异性评估：分析靶位点周围区域及全基因组范围的甲基化水平，量化工具的脱靶效应。
- 遗传性分析：在T1、T2代（无论是否含有转基因）中追踪甲基化变化的遗传稳定性。
- 差异甲基化区域（DMR）鉴定：系统鉴定全基因组范围内显著高甲基化或低甲基化区域，并分析其基因组分布特征（如着丝粒周边区域富集情况）以及与已知甲基化通路的关联。
- ATAC-seq：
- 5周龄野生型莲座叶提取细胞核进行ATAC-seq测序分析，以确定FT基因远端增强子Block C的开放染色质区域位置，为靶点设计提供依据。
- 通过T1代自交获得T2代亚群，使用两对引物（分别靶向gRNA和载体骨架）进行基因型鉴定，区分含转基因（+）和无转基因（-）植株，评估甲基化编辑的跨代遗传功能。
（1）基于Cas9的单融合蛋白用于DNA甲基化编辑
本研究设计了CRISPR-based融合蛋白系统，将效应蛋白（甲基转移酶或去甲基化酶）置于dCas9的N端，以优化其接触胞嘧啶进行编辑；将辅助因子（参与表观调控的蛋白）置于dCas9的C端，以增强效应蛋白的活性（图1a）。具体而言，甲基化效应蛋白包括哺乳动物的DNMT3A-3L、拟南芥的DRM2、烟草的NtDRMcd和细菌变体MQ1v；去甲基化效应蛋白包括拟南芥的ROS1及其催化域（ROS1cd）和人类的TET1催化域（TET1cd）。辅助因子则包括转录抑制子（人源KRAB、拟南芥SRDX）、组蛋白H3K9甲基转移酶KYP、组蛋白乙酰转移酶p300及H3K9me2去甲基化酶IBM1/IBM1cd。通过效应蛋白、辅助因子和启动子的组合，构建了38种甲基化编辑工具（M1-M38）和30种去甲基化编辑工具（D1-D30）。
图1：一系列靶向FWA启动子DNA甲基化的工具
（2）在FWA启动子区域的靶向DNA甲基化
研究以FWA启动子为首个测试靶点，该位点在野生型中通过DNA甲基化维持沉默，去甲基化导致晚花表型。研究团队测试了38种甲基化工具。通过观察T1代植株是否恢复早花表型（图1c、e）来初筛编辑工具。结果显示，由pRPS5A启动子驱动的工具（M6、M12、M14、M16、M22、M30）可诱导早花表型，而UBQ1启动子驱动工具无效，表明RPS5A启动子具有更优的编辑效能。其中，MQ1v-dCas9 (M14) 和 MQ1v-dCas9-KRAB (M22) 诱导早花效率最高。RT-qPCR证实早花植株中FWA表达被抑制（图1d）。
关键的WGBS分析（图1f）直接证实，早花植株的FWA启动子区域被de novo甲基化，且不同工具诱导的甲基化类型（CG或非CG）不同。如M14特异性诱导CG甲基化，而M22和M30可诱导CG和非CG甲基化，且M30的非CG甲基化水平高于M22，表明SRDX辅助因子可拓展MQ1v的非CG甲基化功能。
（3）FWA启动子甲基化工具的特异性表征
通过WGBS全基因组甲基化分析评估工具特异性，M6和M12编辑植株在FWA启动子及周围区域及全基因组范围的甲基化水平与fwa对照无显著差异（图1f），表明其具有高度特异性。而M14在CG位点出现显著甲基化，M22程度较轻，M30最低（图1f）。全基因组CG甲基化水平分析（图1g）显示M14和M22显著高于fwa，而M30与fwa类似。值得注意的是，M14、M22、M30含同一效应蛋白MQ1v，仅辅助因子不同，表明SRDX可显著提高特异性。此外，工具的特异性与其在靶点的编辑效率大致呈负相关。
（4）靶向FWA启动子DNA甲基化的可遗传性
为评估编辑的稳定性，研究人员分析了编辑工具的T1代植株后代（T2代）。分析结果显示，在转基因分离后（T2代不含转基因的植株），早花表型、FWA表达抑制以及FWA启动子的高甲基化状态依然稳定存在（图2a-c），表明这些工具诱导的甲基化修饰是可遗传的表观记忆，不依赖于转基因的持续存在。
图2：FWA启动子的靶向DNA甲基化具有可遗传性
（5）FT基因远端增强子的靶向DNA甲基化
为验证工具普适性，研究靶向FT基因增强子Block C，该位点甲基化导致野生型晚花（图3a）。所有FWA有效工具（M6, M12, M14, M22, M30）均能在FT增强子诱导晚花表型（图3b-c），但各工具效率排名有所变化，M6在FT位点效率最高，提示靶位点染色质环境影响工具效能。WGBS分析再次确认了工具的特异性差异（图3d）：M12特异性甲基化靶位点且不改变全基因组甲基化；M14在靶位点及周围CG位点广泛甲基化，M22和M30程度较轻；仅M14显著提高全基因组CG甲基化，但效应弱于FWA背景。有趣的是，M6在此并未检测到明显的DNA甲基化，推测其表型可能是通过辅助因子KYP诱导的H3K9me2间接导致。此外，编辑的遗传性也在T2代中得到验证（图3d-e）。
图3：FT增强子Block C的靶向DNA甲基化
（6）FWA启动子区域的靶向DNA去甲基化
研究同时构建了30种去甲基化工具。在野生型（其FWA启动子甲基化导致基因沉默）中靶向该区域，成功去甲基化将激活FWA表达并导致晚花表型（图4a）。筛选发现，由pRPS5A驱动的工具效果更好，其中ROS1-dCas9 (D10)、TET1cd-dCas9 (D12)、TET1cd-dCas9-p300 (D18)、TET1cd-dCas9-IBM1cd (D24) 和 TET1cd-dCas9-IBM1 (D30) 能诱导不同程度的晚花（图4b、d）。RT-qPCR显示FWA激活与甲基化降低负相关（图4c），WGBS分析直接证实这些植株的FWA启动子发生了去甲基化，且TET1cd-based工具（D12、D24, D30）的去甲基化效能优于ROS1工具（D10）（图4e）。
图4：FWA启动子区域的靶向去甲基化
（7）FWA启动子去甲基化工具的特异性表征
研究团队通过WGBS全基因组甲基化分析揭示了去甲基化工具的特异性谱系（图4f）。ROS1-dCas9(D10)和TET1cd-dCas9-p300(D18)特异性最高，全基因组甲基化水平与野生型相似。TET1cd-dCas9 (D12)和TET1cd-dCas9-IBM1cd(D24)有轻微的全局去甲基化效应。而TET1cd-dCas9-IBM1(D30)显著降低全基因组CG甲基化，特异性最低但效率最高。表明辅助因子p300有助于提高特异性，而IBM1则增强效率的辅助因子效应。
（8）FWA启动子的靶向DNA去甲基化可遗传性
与甲基化工具类似，去甲基化工具诱导的修饰也能稳定遗传。在T2代植株（无论是否含转基因）中，仍能观察到晚花表型（图5a）、FWA表达激活（图5b）以及FWA启动子的低甲基化状态（图5c）。例如，D10工具在T1代仅部分去甲基化，但在部分T2代中实现了完全去甲基化，表明ROS1可能需要多代传递才能达到完全效果。WGBS跨代数据确立了去甲基化修饰的稳定遗传功能。
图5：FWA启动子的靶向去甲基化具有遗传性
（9）SDC启动子区域的靶向去甲基化
研究团队分析了另一个受RdDM通路调控甲基化的靶标SDC启动子，该位点甲基化沉默SDC，去甲基化激活导致叶片卷曲（图6a）。分析结果发现，野生型中所有去甲基化工具在T1代均未能诱导出预期的卷叶表型（图6d），ChIP-seq数据显示SDC启动子富集于RdDM通路核心组分Pol IV，推测RdDM通路拮抗去甲基化。于是研究团队将工具转入RdDM缺失介导的nrpe1突变体中，成功在T1代观察到卷叶表型（图6b、d），其中TET1cd-dCas9-IBM1 (D30) 和 TET1cd-dCas9 (D12) 效率最高。RT-qPCR和WGBS（图6c、e）证实卷曲叶植株SDC表达激活且启动子去甲基化。此外在野生型背景下，部分高效工具在T2代也诱导出卷叶表型。WGBS证实其SDC启动子去甲基化和基因激活，表明IBM1辅助因子可提升ROS1工具效能。
图6：SDC启动子的靶向去甲基化
（10）SDC启动子去甲基化工具的特异性表征SDC位点及全基因组甲基化（图6e-f）WGBS分析进一步验证了工具的特异性特征：TET1cd-dCas9-p300 (D18) 特异性高；TET1cd-dCas9 (D12) 和 TET1cd-dCas9-IBM1cd (D24) 特异性较低；TET1cd-dCas9-IBM1 (D30) 在部分植株中能导致强烈的全基因组去甲基化；而ROS1-dCas9-IBM1 (D28) 则表现出诱导全基因组CHG去甲基化的倾向。WGBS全面描绘了不同工具在RdDM缺失和野生型背景下的特异性差异。
（11）SDC启动子的靶向DNA甲基化可遗传
最后，研究团队分析了nrpe1背景T1编辑植株的后代。分析结果显示，在nrpe1背景下，去甲基化工具诱导的卷叶表型、SDC表达激活以及启动子低甲基化状态，在T2代（无论是否含转基因）中均能稳定遗传（图7a-c）。即使在野生型背景下，T30诱导的全基因组CG低甲基化和D28诱导的全基因组CHG低甲基化，在无转基因的T2代中也得以保留，再次证明这些表观编辑的遗传稳定性。
图7：SDC启动子的靶向去甲基化具有遗传性
结论和启示
本研究成功开发了一套多功能、可定制化的植物DNA甲基化编辑工具箱，包含5种甲基化工具（M6、M12、M14、M22、M30）和6种去甲基化工具（D10、D12、D18、D24、D28、D30），实现了从位点特异性到全基因组水平、从瞬时表达到跨代遗传的多样化应用。
核心亮点包括：
- 辅助因子工程是优化编辑工具的关键策略；
- WGBS等全基因组测序技术是评估表观编辑特异性和遗传稳定性的重要工具；
- 植物表观基因组编辑技术已基本具备从基础研究走向育种应用；
- 不同靶位点的染色质环境（如RdDM通路活性）显著影响工具选择策略。
参考文献：He L, Yao Y, You Y, Wei X, Ma Y, Yuan W, Lang Z, Zhu JK. Versatile molecular tools enabling customizable DNA methylation editing in Arabidopsis. Nat Commun. 2025 Dec 6. doi: 10.1038/s41467-025-66933-z.
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