一、研究背景与科学问题
转录记忆是指部分基因在接受信号分子的初次刺激后，对二次刺激产生更快、更强响应的现象。这一机制在生物体适应环境变化、调控基因表达中具有重要意义。促炎症因子TNF-α作为关键的炎症介质，通过激活NF-κB等信号通路在慢性炎症如类风湿性关节炎、溃疡性结肠炎的发病过程中发挥核心作用。然而，TNF-α是否能够介导转录记忆、其形成机制以及决定哪些基因具有记忆潜能的分子基础，此前尚未阐明。本研究围绕上述问题展开系统探索，研究过程中采用人TNF-α试剂盒（HICA）对TNF-α刺激浓度及效应进行定量监测，为机制解析提供技术支撑。

二、TNF-α介导转录记忆现象的发现

（一）报告基因系统中的初步观察
研究首先在HEK293F细胞中构建了被DNA甲基化沉默的报告基因系统。持续性TNF-α刺激后发现，该报告基因在接受二次TNF-α刺激时表现出更快、更强的激活效应，提示TNF-α可诱导转录记忆的形成。这一观察为后续内源基因的筛选提供了实验基础。

（二）内源基因中转录记忆效应的验证
通过对全基因组范围的系统筛选，研究鉴定了多个对TNF-α刺激具有转录记忆效应的内源基因。其中，编码偏头痛治疗靶点CGRP的CALCB基因表现出最强的转录记忆效应，成为后续机制研究的代表性靶点。

三、转录记忆形成的分子机制

（一）NF-κB结合区域的DNA去甲基化
机制研究发现，在转录记忆建立过程中，NF-κB结合位点附近发生显著的DNA去甲基化改变。这一表观遗传修饰的动态变化与转录记忆效应的建立呈现高度相关性，提示其可能参与记忆的形成与维持。

（二）TET介导的主动DNA去甲基化的关键作用
为验证DNA去甲基化的功能意义，研究对TET家族基因进行了敲除实验。结果显示，在TET基因缺失的细胞中，所有具有TNF-α转录记忆效应的内源基因均失去了记忆能力。这一发现证实主动DNA去甲基化是转录记忆建立过程中不可或缺的核心环节。

（三）基因记忆潜能的决定因素
值得注意的是，并非所有NF-κB靶基因均表现出转录记忆效应。进一步分析表明，具有记忆潜能的基因在其NF-κB结合位点附近具有较高的本底DNA甲基化程度及较高的CpG位点密度。这一特征决定了这些调控元件具备"可记忆"的分子基础。

四、转录记忆的功能意义

（一）响应灵敏度的显著提升
研究观察到，具有转录记忆效应的基因（如CALCB）在接受二次刺激时，其响应灵敏度大幅提升。具体而言，低于初次刺激浓度100倍的二次TNF-α刺激仍可诱导显著的基因激活。这一现象提示，转录记忆的建立使细胞对后续炎症信号的感知能力大幅增强。

（二）对慢性炎症转化的潜在解释
急性炎症向慢性炎症的转换是临床治疗面临的重要挑战。本研究发现TNF-α介导的转录记忆可使炎症响应基因的激活阈值显著降低，这一机制可能部分解释了为何初始炎症事件后，组织对后续轻微刺激仍可产生过度炎症反应，从而推动慢性炎症的维持与发展。

五、研究意义与展望

（一）揭示炎症信号调控的新维度
本研究首次阐明TNF-α可通过NF-κB信号通路及TET介导的DNA主动去甲基化，诱导部分炎症响应基因建立转录记忆。这一发现将炎症信号调控从即时响应拓展至长期记忆层面，深化了对炎症反应动态调控机制的理解。

（二）为慢性炎症治疗提供新视角
转录记忆导致的信号响应灵敏度提升，可能成为慢性炎症维持的重要机制之一。针对DNA甲基化动态调控或TET酶活性的干预策略，或可为慢性炎症的治疗提供新的潜在靶点。

（三）研究范式与检测工具的价值
本研究所建立的研究流程可为其他信号系统中转录记忆现象的探索提供模板。人TNF-α试剂盒（HICA）在刺激浓度定量、效应监测等环节发挥了关键支撑作用，展示了其在炎症信号研究中的应用价值。

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TNF-α介导的炎症响应转录记忆现象及其分子机制研究-南京优爱(UA BIO), 重组蛋白专家