▲Alkynyl Palmitic Acid (T14185)，CAS: 99208-90-9的化学结构式

Alkynyl Palmitic Acid (T14185)，CAS: 99208-90-9 是一种基于烷基链的PROTAC连接子，用于构建利用泛素-蛋白酶体系统的双功能降解剂。在完整降解剂中，Alkynyl Palmitic Acid 作为连接域，将靶标配体与E3连接酶招募配体在空间与构象上精确耦合；由此推动靶蛋白–降解剂–E3的三元复合体形成，促进E2介导的泛素转移、靶蛋白多聚泛素化以及26S蛋白酶体降解[1,2]。其端炔基团为铜催化叠氮–炔点击反应提供选择性偶联位点，便于与叠氮化的配体或功能单元进行模块化后期拼接；而棕榈酸(C16)烷基段赋予典型烷基连接子所需的疏水性与可达构象长度。

在机制层面，Alkynyl Palmitic Acid 支持PROTAC的诱导近邻原理：通过连接子调控的距离与取向，将靶蛋白与E3连接酶（如CRBN–CUL4–DDB1或VHL–CUL2复合体）组织成有利的三元界面，进而实现高效的泛素链延伸和蛋白酶体清除[1,2]。烷基链长度与柔性会影响降解剂的渗透性、溶解性平衡，以及三元复合体形成的熵/焓特征，进而决定降解效率、选择性与动力学。饱和长链可提供疏水接触面以匹配三元复合体中的蛋白–蛋白相互作用，或减少立体冲突，从而调节协同性。

在“PROTAC连接子”通路语境下，Alkynyl Palmitic Acid 并非作用于经典信号受体，而是通过优化诱导的靶–E3组装几何与动力学，间接调控泛素-蛋白酶体途径。通过改变两端配体的有效距离与转动自由度，连接子可影响靶蛋白赖氨酸对E2–E3催化位点的呈递、三元复合体驻留时间以及降解循环中的催化转换阈值[1,2]。

在研究应用上，Alkynyl Palmitic Acid 适用于降解剂合成与连接子SAR研究。其端炔便于点击化学快速多样化，构建变换E3配体、靶标配体或三唑桥接基团的系列分子，从而加速优化。C16疏水链段为系统探究烷基连接子的长度与组成如何影响细胞摄取、亚细胞分配、三元复合体协同效应与降解深度提供了实用抓手。由此，Alkynyl Palmitic Acid 可用于建立并评估烷基链连接子系列，解析连接子对泛素-蛋白酶体通路读出的影响，并提炼可迁移的降解剂设计准则[1,2]。

■ 2. 文献分享
■ 2.1 An inner membrane complex protein IMC1g in Plasmodium berghei is involved in asexual stage schizogony and parasite transmission

▲目标蛋白在疟原虫不同发育阶段的表达谱与亚细胞定位分析 (A) Western blot 检测目标蛋白在不同样本中的表达水平。EC 为红细胞对照，SZ 为子孢子，GC 为配子体，GCa 为活化配子体，Ook 为动合子；箭头标示目标蛋白条带，β-actin 为内参参照，结果显示目标蛋白在子孢子阶段特异性高表达。 (B) 目标蛋白在各发育阶段的相对表达量定量统计。以子孢子阶段的信号强度为参照，配子体、活化配子体及动合子阶段的蛋白表达水平均显著降低（***P<0.001）。 (C) 疟原虫生活史各发育阶段的免疫荧光共定位成像。从左至右依次为微分干涉相差（DIC）图、DAPI 细胞核染色、HA 标签标记的目标蛋白、各阶段特异性标记蛋白（CDPK1、tubulin II、G377、PSOP25）及合并图；涵盖环状体、滋养体、子孢子、大配子体、活化大配子体、出丝体、雌配子、活化雌配子、合子、梭形动合子前体、成熟动合子共 11 个发育阶段，明确目标蛋白在各时期的表达定位特征。 (D) 子孢子（SZ）、裂殖子（MZ）、动合子（Ook）阶段目标蛋白与顶膜抗原的共定位验证。目标蛋白与 GAP50、GAP45 均呈现高度共定位，右侧标注皮尔逊共定位系数 R 值，证实目标蛋白定位于疟原虫顶端膜相关结构。 (E) 细胞组分分离 Western blot 检测蛋白溶解性。对子孢子与动合子样本依次进行游离组分（FZ）、Triton X-100 可溶组分（Tx）、SDS 可溶组分（SDS）提取，结果显示目标蛋白主要富集于 SDS 溶解的不可溶膜组分中；GAPDH 与 GAPM2 为组分分离的参照蛋白。

Alkynyl Palmitic Acid (T14185) 在本研究中作为可点击探针用于检测疟原虫蛋白的棕榈酰化。作者从裂殖体与动合子两种阶段制备裂解液，并以 Alkynyl Palmitic Acid 进行标记。采用此标记后，在携带 PbIMC1g-HA 的寄生虫样本中于上述两个阶段均观测到棕榈酰化信号，并进一步检测到 PbIMC1g-HA 的特异性棕榈酰化。通过在裂殖体与动合子阶段一致应用 Alkynyl Palmitic Acid，该实验为 IMC1g 在不同寄生虫阶段的棕榈酰化提供了证据，并使对 HA 标记靶蛋白的特异性修饰得以检测。整体上，Alkynyl Palmitic Acid 的使用实现了跨阶段的棕榈酰化信号识别，并通过标记实验明确了 PbIMC1g-HA 的棕榈酰化状态。[3]

■ 2.2 Plasmodium berghei IMC1j interacts with δ-tubulin to orchestrate subpellicular microtubule organization in ookinetes

▲目标蛋白在疟原虫各发育阶段的表达特征、亚细胞定位及膜组分溶解性分析 (A) Western blot 检测目标蛋白在疟原虫不同发育阶段的表达谱。S：子孢子；G：配子体；Ga：活化配子体；O：动合子。箭头标示目标蛋白特异性条带，β-actin 为内参蛋白，结果显示目标蛋白主要在动合子阶段特异性高表达。 (B) 疟原虫不同发育阶段的免疫荧光共定位成像。各列依次为明场叠加核染色（DIC+nuc）、HA 标签标记的目标蛋白（α-HA，绿色）、阶段特异性标记蛋白（红色）及融合图（Merge）。左侧涵盖环状体、滋养体、子孢子、大配子体、活化大配子体、雄配子出丝体阶段，分别以 CDPK1、MSP1、微管蛋白 Tub2 为对应时期标记；右侧涵盖雌配子体、活化雌配子体、合子、梭形动合子前体、成熟动合子、子孢子阶段，分别以 G377、P25、PP6 为标记。结果显示目标蛋白随有性发育进程逐渐富集，在动合子阶段呈现特征性膜周定位，并与动合子标记蛋白 P25 高度共定位。 (C) 细胞组分分离实验检测目标蛋白的溶解性特征。FZ：胞质游离组分；Tx：Triton X-100 可溶膜组分；SDS：SDS 可溶的难溶膜骨架组分。目标蛋白主要富集于 SDS 溶解的不溶性组分中，提示其为膜骨架结合蛋白；β-actin、GAPM2、GAPDH 为组分分离的质控参照蛋白。

Alkynyl Palmitic Acid (T14185) 被用于对寄生虫的裂殖体和动合子裂解液进行代谢标记，从而通过点击化学评估蛋白质棕榈酰化。点击化学检测显示，在两个发育阶段均可确认PbIMC1j被棕榈酰化，依据是标记样品沉淀组分中出现清晰条带，而在无点击对照中缺失。研究还在以Alkynyl Palmitic Acid进行代谢标记后，结合链霉亲和素和分期标记进行免疫荧光，鉴定了裂殖体与动合子阶段棕榈酰化PbIMC1j的定位。对Alkynyl Palmitic Acid标记样品的免疫印迹使用抗HA抗体进行检测，在裂殖体和动合子阶段均识别到PbIMC1j。此外，实验流程包括先以Alkynyl Palmitic Acid标记裂殖体或动合子，随后进行点击化学反应并成像，用以支持对棕榈酰化蛋白定位的可视化。这些结果共同表明，Alkynyl Palmitic Acid在该研究中有效实现了代谢标记，促进了依赖点击化学的PbIMC1j棕榈酰化检测与亚细胞定位的可视化。[4]

■ 3. 结语
Alkynyl Palmitic Acid 作为一种基于烷基链的PROTAC连接子，通过空间与构象耦合靶标配体与E3连接酶配体，促进三元复合体形成，实现靶蛋白的E2催化泛素化及蛋白酶体降解。文献报道表明该化合物可作为可点击化学工具，便于模块化拼接及代谢标记，成功检测疟原虫不同发育阶段IMC1g和IMC1j蛋白的棕榈酰化修饰。未来研究可利用 Alkynyl Palmitic Acid 系统性解析连接子结构-活性关系，优化三元复合体协同性，并拓展其在靶向蛋白降解和棕榈酰化蛋白质组学中的应用潜力。

■ 4. Q&A
Q1: Alkynyl Palmitic Acid 在PROTAC分子中的主要功能是什么？
A1: Alkynyl Palmitic Acid 作为连接子，将靶标配体与E3连接酶配体空间构象耦合，促进三元复合体形成，实现靶蛋白的泛素转移及蛋白酶体降解。

Q2: 文献中 Alkynyl Palmitic Acid 在疟原虫Plasmodium berghei的研究中如何应用？
A2: 其作为可点击探针用于裂殖体和动合子裂解液的代谢标记，帮助检测和定位IMC1g和IMC1j蛋白在不同发育阶段的棕榈酰化。

Q3: Alkynyl Palmitic Acid 的端炔基团有什么重要作用？
A3: 端炔基团为铜催化叠氮–炔点击反应提供了选择性偶联位点，方便与叠氮功能单元进行模块化拼接。

■ 5. 参考文献
[1] Winter GE, Buckley DL, et al. Phthalimide conjugation as a strategy for in vivo target protein degradation. Science. 2015;348(6241):1376-1381.
[2] Bondeson DP, Mares A, et al. Catalytic in vivo protein knockdown by small-molecule PROTACs. Nat Chem Biol. 2015;11(8):611-617.
[3] Liu Y, Cheng S, He G, He D, Wang D, Wang S, et al.. An inner membrane complex protein IMC1g in Plasmodium berghei is involved in asexual stage schizogony and parasite transmission. mBio. 2025;16(1):.
[4] He G, Feng Y, He D, Hu Y, Wang D, Wang S, et al.. Plasmodium berghei IMC1j interacts with δ-tubulin to orchestrate subpellicular microtubule organization in ookinetes. mBio. 2025;16(11):.