2025年5月，Tao Liu、Jiahao Liu、Dong Li与Shan Tan团队的研究论文《Bayesian deep-learning structured illumination microscopy enables reliable super-resolution imaging with uncertainty quantification》在线发表于《Nature Communications》。该研究解决了深度学习SIM模型长期存在的“黑箱”隐患，被同行评价为“计算超分辨显微镜可信赖化的里程碑”。

重要发现
01技术原理：贝叶斯框架破解光学逆病态问题
传统SIM重建算法面临光学逆问题的病态性：单组原始图像可能对应多个潜在超分辨解。BayesDL-SIM通过两项核心技术突破该局限：

（1）异方差概率建模：
使用高斯分布描述潜在超分辨空间，网络同步输出每个像素的均值（重建强度）和标准差（AleaU）（公式1）

提出解耦训练（DeT）方案：先以双域损失优化重建权重，再冻结权重学习AleaU，避免保真度损失

（2）随机贝叶斯推理：
采用随机梯度Langevin动力学（SGLD）近似后验分布（公式3）
通过蒙特卡洛采样生成多组重建结果，计算EpisU = 样本方差（公式4）

AleaU映射准确反映重建可信度：非特征区（如CCPs背景）不确定性更低，校准误差 <0.03

用户可自定义可信区间（CI）：如3σ区间覆盖99.74%真实强度分布

（2）模型误用预警：
认知不确定性（EpisU）有效识别知识不一致（KIC）场景：
当MTs训练模型处理F-actin时，FG-EpisU激增400%
稀疏荧光珠密度样本误用常规模型时，过分割区域EpisU扩大3倍
空间采样率失配（如62.4 nm/pixel数据误用31.2 nm/pixel模型）导致EpisU >250%

（3）活细胞动态追踪：
在长达3小时的COS-7细胞粘附过程中，BayesDL-SIM清晰解析F-actin重组
低信噪比（平均光子数<50）条件下，重建丝状长度增加37%
KIC场景下FG-EpisU持续高于KC组1.5-2.5倍

创新与亮点
01突破性技术：双模态不确定性量化
（1）AleaU映射取代经验性评估：
相较传统SQUIRREL方法，AleaU与真实重建误差的稀疏化曲线匹配度提升60%
指导实验优化：通过最小化AleaU反向优化照明参数

（2）EpisU驱动的可靠性防火墙：
首次实现DL-SIM模型的误用自诊断，尤其有效识别GAN模型的幻觉伪影（FG-EpisU >300%）

（3）通用框架扩展性：
兼容单图像超分辨（SISR）与少帧SIM
在3D-SIM中保持亚细胞结构解析力

总结与展望
BayesDL-SIM通过贝叶斯深度学习框架，首次将双重不确定性量化引入光学超分辨成像领域。其核心突破在于：
以异方差建模破解重建病态性问题，实现分布式可信成像；
以认知不确定性构建模型误用防火墙，避免生物学误读。
该技术显著提升了对密集生物结构（如F-actin）的解析能力，并在长达3小时的活细胞观测中验证了可靠性，为研究亚细胞动态提供了新工具。

未来工作将聚焦三方面：
一是探索无标注学习融合方案，解决高光毒性样本的训练数据缺失问题；
二是开发跨模态泛化引擎，实现从SIM到定位显微镜的通用迁移；
三是构建不确定性反馈训练机制，利用AleaU优化网络注意力分配。

随着生物学家对结果可信度需求的升级，BayesDL框架有望成为智能显微镜的算法基座，推动超分辨成像从“高分辨率”向“高可信度”跃迁。

DOI:10.1038/s41467-025-60093-w.