MS2-RIP（MS2-tagged RNA Immunoprecipitation，MS2 标签化 RNA 免疫沉淀）技术是一种基于RNA 标签和免疫沉淀的分子生物学方法，核心用于特异性捕获与目标 RNA 结合的蛋白质（或 RNA、其他生物大分子），从而解析 RNA 在体内的功能调控网络。它通过给目标 RNA 加装 “分子标签”（MS2 茎环结构），实现对目标 RNA - 蛋白质复合物的精准富集，克服了传统 RIP 技术中 “RNA 探针特异性低、背景干扰高” 的局限，是当前研究 RNA - 蛋白质互作（RNP，Ribonucleoprotein Complex）的主流技术之一。

下面通过一篇高分案例了解其具体应用：
文章名称：A Long Noncoding RNA Activated by TGF-β Promotes the Invasion-Metastasis Cascade in Hepatocellular Carcinoma.
发表期刊：Cancer Cell (IF 44.5)
研究思路：有研究表明TGF-β诱导的上皮-间质转化(EMT)在癌细胞传播中发挥重要功能，miR-200家族（miR-200a、miR-200b、miR-200c、miR-141、miR-429）通过靶向ZEB1和ZEB2来抑制EMT和肿瘤侵袭。在本研究中作者发现TGF-β激活的lncRNA-ATB在肝细胞癌转移中表达上调，并与预后不良相关。然后作者利用MS2-RIP，双萤光素酶等技术证明lncRNA-ATB通过竞争性结合miR-200家族，上调ZEB1和ZEB2，进而诱导EMT和侵袭。表明lncRNA-ATB作为TGF-β信号的中介，可能是癌症抗转移治疗的潜在靶点。
结果解读：
1. 作者使用MS2-RIP技术在内源性水平上验证miR-200家族与lncRNA ATB之间是否直接结合。将MS2-BS构建至lncRNA ATB末端，并构建MS2-GFP融合蛋白，通过GFP标签进行免疫沉淀。发现与空载体（MS2）、miR-200s靶向位点突变的lncRNA-ATB（lncRNA-ATB-mut）和无miR-200s靶向位点的lncRNA（lncRNA- 508851）相比，lncRNA-ATB能显著富集miR-200家族（图H），表明miR-200家族与lncRNA-ATB存在互作。
2. 通过体外合成生物素标记的lncRNA-ATB对内源性miR-200家族进行亲和力下拉，进一步验证了miR-200家族与lncRNA-ATB之间的特异性结合（图I）。
3. 作者使用荧光素酶报告基因进一步证实上述结果，发现过表达miR-200家族会降低pmirGLO-ATB报告载体的荧光素酶活性，但不会降低空载体或pmirGLO-ATB突变报告载体的荧光素酶活性（图J），表明miR-200家族能与lncRNA-ATB结合。