肿瘤微环境（TME）作为癌症发展的核心驱动力，其复杂的细胞组成和空间异质性一直是癌症研究的难点。传统方法难以捕捉细胞间的时空互作动态，而空间多组学技术的兴起为解决这一挑战提供了革命性工具。这些技术不仅能解析细胞类型和基因表达的精细图谱，还能揭示肿瘤发展中的关键信号通路，为新治疗策略的开发奠定基础。在本文中，我们分享了一种系统性的研究思路，旨在通过整合单细胞转录组测序和空间转录组学技术（如CosMx SMI），全面解析肿瘤微环境的特征。该思路不仅聚焦于细胞类型的鉴定和功能分析，还通过空间邻域和互作分析，动态描绘肿瘤微环境的演变规律。

研究思路

 
研究思路详解

为了解析肿瘤微环境特征，需要获得肿瘤组织中细胞类型和基因表达的详细表达水平和空间分布规律。因此，首先使用单细胞转录组测序，详细解析肿瘤组织的细胞类型组成。并将其作为参考用于空间转录组细胞注释。随后，基于CNV算法鉴定恶性细胞，并通过信号通路分析等方法确认各细胞类型在肿瘤发展中发挥的功能，筛选影响肿瘤发展的关键细胞类型（下称为细胞类型A）。